根据我国《计算机软件保护条例》，软件著作权人申请登记软件可以通过相关软件登记机构办理，不过这个软件登记机构必须是国务院著作权行政管理部门认定的才行，申请登记的软件也必须是本人独立开发的，有一些著作权人对原有的软件进行修改开发后各方面功能或性能有突破性地改变，在这种情况下，如果该修改是经过原著作权人许可的，也可以进行软件登记申请。还有一种情况就是合作开发的软件如果要进行著作权登记的，则需要全体著作权人协商，指定其中一个著作权人为代表办理登记申请，很多时候协商达不成一致的，其中的任何一位著作权人在申请登记时都应当注明其他著作权人并且是在不损害其他著作权人利益的前提下才能申请登记。
著作权人在申请登记软件之前需要按要求填写相关的软件著作权登记申请表，并且向中国版权保护中心提交相关的证明文件以及软件的鉴别材料。
著作权申请人在登记申请批准之前发现任何环节有问题都可以随时撤回申请。但是如果是已经登记申请成功，后续如果需要撤回软件著作权登记的，则该撤回申请的申请人得是软件著作权登记申请人，如果是委托代理的，则在申请之时需要提交委托代理人的身份证明文件复印件；并且申请人必须提交相关的文件资料，比如申请人的身份证明、撤回登记申请表、撤回的理由以及受理通知书等等。委托代理的，申请表中还应明确委托权限范围、事项等内容；如果软件著作权是共有状态的，申请表中还应共同申请人签署撤销意见并且签章。申请人书面应当陈述合理、真实、充分的撤回登记申请的理由并且加盖公章。 申请提交时应当注明软件跟申请人的名称，如果该申请文件是有登记号或者受理号的，提交之时还需要注明登记号过受理号，一切文件资料准备妥当之后申请者可以直接递交给相关部门或者挂号邮寄。
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