1、签订时间不同。三方协议是学生在校期间签订的，而劳动合同是在毕业生毕业离校后到单位正式报到后签订的。
2、主体不同。三方协议的主体是三方，即学校、毕业生和用人单位;而劳动合同的主体是两方，即劳动者和用人单位。
3、内容不同。三方协议的主要内容是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接收毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案;而劳动合同是记载劳动者和用人单位的权利和义务，是劳动关系确立的法律凭证。
4、目的不同。三方协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。而劳动合同主要是劳动关系确立后使劳动者和用人单位的合法权益得到应有的保障。
5、适用的法律不同。三方协议的制定、发生争议后的解决主要依据是《国家关于高校毕业生就业的规定》、《民法典》等，而劳动合同的订立以及发生争议后主要是依据《劳动法》和《劳动合同法》来解决。
三方就业协议与劳动合同虽然都是用人单位与劳动者建立劳动关系的意思表示， 但这两者在适用法律依据上显然是不同的。劳动合同适用 《劳动法》 以及 《劳动合同法》，而三方就业协议则适用 《民法典》。
三方就业协议之所以可以约定违约金， 原因在于无论是用人单位， 还是毕业生， 在招聘或求职当中都花费了大量的成本。 如果一方肆意违约而不带惩罚， 这会降低三方就业协议的效用。
三方协议主要是毕业生和用人单位的工作约定，而劳动合同则规定了劳动者对从事的具体工作和福利待遇等权利义务的约定。由于三方协议不受劳动合同法的保障，容易在试用期期间产生劳动纠纷，因此，毕业生签订三方协议之时应该格外留心注意。
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