如果离职员工跟企业发生了劳动仲裁，企业最终根据仲裁结果给员工支付了相关费用，在会计处理时应根据具体类别进行分门别类进行。
企业在不改变企业组织形式或者未实施企业清算的条件下改革用工制度，因解除或变更劳动关系等而支付职工的经济补偿金，应计入发生当期管理费用，不应进行追溯调整。即此时应计入“管理费用”，贷记“现金”或“其他应付款”等科目，但不应通过“应付工资”核算。
仲裁申请程序：
1、劳动者自权益受损之日起一年内，向当地的劳动仲裁委提交劳动仲裁申请;
3、由三名仲裁员组成仲裁庭，在查明事实的基础上做出仲裁裁决。
根据相关的法律规定，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。劳动仲裁的劳动仲裁流程具体如下：
1、提出仲裁申请。当事人申请劳动争议仲裁应当提交书面仲裁申请书。仲裁申请书应当包括以下内容：申请人、被申请人的姓名、名称、住址和身份证号等个人信息;发生争议的事实、申请人的主张和理由等。
2、仲裁委员会进行审查。仲裁委员会在收到申请书后，应在七日内审查作出受理与否的决定。
3、开庭仲裁。劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内作出裁决。另外，劳动者对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。期满不起诉的，裁决书发生法律效力。但是，有两类仲裁案件是不能在 提起诉讼的：一是小额诉讼案件;二是标准明确的案件。
申请劳动仲裁给经济补偿金，会计是需要记账的，申请劳动仲裁时，要提交仲裁申请书，必须提交书面的材料，申请书中，要包括申请人被申请人的个人基本信息，发生争议的事实，申请人的诉讼请求。仲裁委员会收到申请书之后，决定受理的，会在45天内作出裁决。
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