一、单位拒不承认劳动关系如何处理
可以申请劳动仲裁，确认双方存在劳动关系。
用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
(二)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
(四)考勤记录;
(五)其他劳动者的证言等。
因此，劳动者或劳动保障部门可以从以上方面去证明或认定。司法实践中，还可以用公司业务往来的文件，录音证据等来证明劳动关系。
二、以下是证明劳动关系的5种方法：
首先，入职时要求签订劳动合同。劳动合同是规定劳动者与用人单位权利义务关系的最重要的法律文件。劳动合同的签订，可以在劳动争议过程中有效维护劳动者的权益，故而在入职时劳动者务必要求和单位签订劳动合同。
其次，在公司规章允许情况下，尽量保留能证明提供劳动的材料原件。在用人单位否认劳动关系的情况下，类似加盖公司公章的业务授权委托书、代签的业务合同、申办贷款、信用卡的工资证明、暂住证以及单位评定员工等级的证明等，都可能被作为确认劳动关系的依据，所以劳动者应尽量保存这些资料原件。
第三，申请法院向有关单位、部门调查取证。为保护劳动者的诉讼权益，法律赋予当事人申请法院调查取证的权利。在目前情况下，有些社会单位是不接待公民个人调查取证的，比如各大商业银行和社会保障行政部门等。如果用人单位为劳动者缴纳了社会保险费或者委托银行向劳动者代发工资，那么劳动者可以申请法院向这些部门调取相关的文件。社会保险缴费证明以及代发工资协议都可以视为证明劳动关系存在的有力证据。
第四，请在职期间的同事提供证人证言。证人证言的提供需要注意以下事项：首先，证人要能够证明其本身和用人单位之间存在劳动关系;其次，证人和用人单位之间不能存在劳动争议，否则会被视为和案件有利害关系;再次，证人开庭时一定要出庭作证，单纯的书面证言一般不为法院采信。
第五，申请服务客户出具证明。在用人单位既没有签订劳动合同也没有缴纳社会保险费，工资也是现金发放，而且劳动者也没有保留有效证据的情况下，劳动者可以尝试让接受过服务的公司客户为自己出具证明。如果客户是公民，则需作为证人出庭;如果是法人单位，则需要加盖单位公章的书面证明。用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
(二)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
(四)考勤记录;
(五)其他劳动者的证言等。
其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。
上面这些方法都可以来证明双方的劳动关系。
用人单位与劳动者之间可能存在劳动关系，但是也有可能属于劳务关系。而要是属于劳动关系的话，那用人单位就需要按照《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律中的规定，对劳动者承担相应的责任，同时也要对其合法权益给予保障才行。而实践中除了劳动合同可以证明双方之间的劳动关系外，工资条、打卡记录等也是可以证明有劳动关系的。
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