绩效能不能扣除，首要的关键在于劳动合同中是否约定绩效工资。如果公司在与劳动者签订劳动合同时约定了具体的绩效工资标准，那么公司通过绩效考核来扣除绩效工资是合理合法的，如果合同中没有约定，那怎么扣都是违法的。
公司如果在劳动合同中约定了绩效工资，那么我们需要审视工资中抛开绩效工资的部分，是否高于当地最低工资标准，如果低于明显是不合理的，这种情况可以直接到当地劳动局进行申诉，无论如何最低工资标准必须是最低的底线。
三、公司有没有公示的员工签字确认的绩效管理制度。
员工对公司的绩效管理制度享有知情权，如果员工不知道公司的绩效考核扣除工资制度，公司也是不能予以执行的。公司的绩效管理制度有没有在内部进行公开，是不是执行透明，员工有没有签字确认，知悉并认可，这都是能否扣除绩效工资的关键，如果没有经过公示的制度被执行，那一定是不合规的。
绩效考核一个完整的闭环是，绩效目标制定、执行、考核和面谈，在这一整套执行中如果公司要扣除绩效工资的话，有没有提前告知绩效未达标的原因，以及需要有哪些绩效改进计划，对于绩效工资的扣除双方有无一致的签字确认意见，如果没有那么公司也将无权扣除。
这四个条件，成为公司能否扣除绩效工资的关键，如果被公司扣除了绩效工资，那么就审视这几个条件，如果都不符合，先内部进行申诉，内部申诉不成功的话，可以到当地劳动局申诉，情节严重的还可以直接申请劳动仲裁。
虽然现在很多用人单位都会支付员工绩效工资，但往往绩效工资的数额时与劳动者的工作情况挂钩的，也就是虽然说的绩效工资有这么多，但实际因为绩效没有考核达标，最后能够拿到手的绩效工资可能并没有这么多。而单位的这一操作是否合法，就要看双方在签订的劳动合同中是否有这方面的约定。
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