1、鉴定机构不同，工伤鉴定的鉴定机构是社保局;司法鉴定的鉴定机构是持有鉴定资质的有关机构。
2、鉴定标准不同，工伤鉴定的鉴定标准有大概400多项;司法鉴定的鉴定标准只有大概200多项，从鉴定标准的范围来看，简单理解就是，工伤鉴定能鉴定到十级的，在司法鉴定中不一定能鉴定的到伤残。
3、鉴定流程不同，工伤鉴定需要先做工伤认定，认定为工伤后才能做工伤鉴定;司法鉴定，在你伤情稳定后即可委托鉴定机构进行鉴定。
(一)职工个人的工伤认定申请书;
(二)受伤害职工的有效身份证明;
(三)劳动合同文本复印件或者与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的有效证明材料;
(四)用人单位事故调查报告书(个人申报的不必提供);
(五)两人以上的证人证言;
(六)医疗机构出具的受伤后诊断证明书、初诊病历、住院病历，属职业病的提供合法有效的职业病诊断证明书或鉴定书。
(七)用人单位的营业执照副本或者工商行政管理部门出具的查询证明。
属于下列情形之一的，还应当提供以下相关证明材料：
1、工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害死亡或工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害死亡的，应提交有关部门出具的死亡证明书及事故调查报告书;
2、因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，提交公安机关证明、人民法院的判决书或者其他有效证明;
3、因工外出期间，由于工作原因受到伤害的，提交公安机关证明或其它有效证明;发生事故下落不明要求认定因工死亡的，提交人民法院宣告死亡的结论;
4、由于机动车事故引起的伤亡事故，提交公安交通管理部门的交通事故认定书或相关处理证明;
5、在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，提交医疗机构的抢救和死亡证明;
6、属于抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的，按照法律法规规定，提交事发地县级以上有关部门出具的有效证明;
7、属于因战、因公负伤致残的转业、复员军人，旧伤复发的，提交民政部门颁发的《革命伤残军人证》以及劳动能力鉴定委员会对旧伤复发的确认证明;
8、直系亲属代表伤亡职工提出工伤认定申请的，提交有效的直系亲属关系证明;
9、工会组织代表伤亡职工提出工伤认定申请的，提交工会介绍信，办理人身份证明。
在因工伤而产生的民事诉讼中，法院往往会要求对工伤员工进行司法鉴定以确定工伤赔偿的标准。许多人会认为员工进行过工伤鉴定就不需要进行司法鉴定的，事实上，司法鉴定和工伤鉴定两者是不同的，工伤鉴定的侧重点是劳动能力鉴定以及伤残等级鉴定，而司法鉴定会更多偏向于对损害赔偿的鉴定。
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