农民工工伤赔偿程序是员工要有伤势鉴定表，把鉴定表交到公司的财务部审查，确定是工伤就由公司赔偿。可以和公司协商赔偿，公司拒绝可以先法院提起诉讼。农民工工伤赔偿程序具体有以下步骤。
1、工伤报告程序
用人单位为劳动者在工伤保险机构投了工伤保险的才有这个程序。单位应当自工伤事故发生之日或者职业病确诊之日起30日内，向当地劳动行政部门提出工伤报告。
2、工伤认定程序
由社会保险经办机构对工伤(亡)事故进行调查确定是否属工伤的程序，这是一般工伤必走第一步。但用人单位书面认可为工伤的，又没有投工伤保险的情况下，可以不走这一程序。注意工伤认定的两个时间：单位没有提起工伤认定的，工伤者一定要在事故发生之日起一年内向劳动部门提出申请。社保经办机构调查认定后，书面通知单位及伤者。
3、工伤鉴定程序
工伤鉴定是在申请工伤鉴定的职工被认定为工伤的基础上(即走完工伤认定程序后)，在其医疗终结或医疗期满之后，由县以上劳动鉴定委员会对其进行的评定伤残等级的行为。广义的工伤鉴定包括劳动能力鉴定和致残等级鉴定。窄义的工伤鉴定指致残等级鉴定。
4、协商赔偿程序
工伤鉴定以后，就可以依据鉴定的标准计算出赔偿数额了。单位投了工伤保险的，就直接由国家工伤保险机构依据标准发放工伤保险待遇。没有投保的(特指在工伤保险机构投保)，则依据标准与用人单位协商解决。
5、劳动仲裁程序
与用人单位协商解决不了的，则可以依据劳动仲裁法规提起仲裁程序。
6、法院审理程序
对劳动仲裁不服的，可以向法院提起诉讼解决。对一审法院判决不服的，可以依法向二审法院提起上诉。
7、执行程序
仲裁或者判决生效后，用人单位不支付赔偿费的，则可以依据生效法律文书向法院执行局提起执行申请，由法院执行。
8、申诉程序
对生效判决不服的，则可以申请启动再审程序。
农民工在从事高空且危险的工作时，农民工应该购买意外保险，如果发生了意外，农民工自己才可以减轻赔偿的负担。公司聘请农民工操作危险工作时，也应该帮助农民工购买意外保险，公司还必须保证农民工在工地工作的人身安全。
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