环境民事诉讼和环境行政诉讼两者存在着显著的差别。最直观的差别是：前者是对侵害环境的民事主体提起诉讼，而后者是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
在目前的情况下，我国不允许提起这两类诉讼，尤其是环境行政诉讼，因为该两类都是公益诉讼，很难得到法律保障。《民事诉讼法》第五十五条：对污染环境、侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的行为，法律规定的机关和有关组织可以向人民法院提起诉讼。
二、民事公益诉讼的起诉主体问题规定是什么?
民事公益诉讼有别于普通民事诉讼。公益诉讼的起诉主体(即原告)突破了《民诉法》关于原告主体的一般规定。《民诉法》第一百一十九条规定的原告是“与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织”，而公益诉讼的起诉主体是法定的，只有法律规定的有关机关和法律规定的有关组织才有资格提起公益诉讼。《民诉法》作为基本法仅对公益诉讼的起诉主体作了原则性规定，具体到某类案件则是法律授权的机关和有权组织方能作为原告起诉。现行法律规定的有关“污染环境、侵害众多消费者合法权益”的公益诉讼规定的原告主体主要是法定的“行使海洋环境监督管理权的部门”、法定的有关“专门从事环境保护公益活动”的组织、中国消费者协会以及在省、自治区、直辖市设立的消费者协会等。但一些地区、一些法院在司法探索中，在案件范围和起诉主体上都有突破。一些机关和社会组织作为原告提起公益诉讼，也得到了民众的认可，并获得了很好的社会效果。
现实生活当中确实存在着因为公益诉讼而导致的民事方面的环境诉讼，但是这和行政方面的诉讼是完全不同的。行政诉讼主要就是因为行政机关没有恰当地履行自身职责或者存在的一些其他方面的问题，导致公民提起诉讼。
环境行政诉讼，属于民告官；环境民事诉讼，属于民告民。从表面即可看出，环境民事诉讼是平等主体之间产生的纠纷，而行政诉讼，涉及到行政机关，那么在主体地位上就已经存在不平等的现象了。
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