最直观的差别是：前者是对侵害环境的民事主体提起诉讼，而后者是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
在目前的情况下，我国不允许提起这两类诉讼，尤其是环境行政诉讼，因为该两类都是公益诉讼，很难得到法律保障。
二、环境行政诉讼的主要原则是什么
(1)具体行政行为合法性审査原则，是指环境行政诉讼的目的是要求法院审査具体行政行为是否合法，即证据是否充分，程序是否合理，法律依据是否正确全面等。如果合法则维持原行政行为，如果不合法，则撤消或部分撤消原行政行为。
(2)当事人在行政诉讼中的法律地位平等原则。
环境行政诉讼的双方当事人往往是行政管理与被管理的关系，在日常工作中这两者的地位是不平等的;但是，在环境行政诉讼中，作为原告的公民个体或企业事业单位与作为被告的环境行政主管部门是平等的。
(3)当事人在行政诉讼中有权进行辩论原则，是指当事人在法院审理的过程中，有权以口头或书面的方式陈述自己的观点及案情事实，维护自己的权益。
(4)不适用调解原则，是指在环境行政诉讼案件的审理过程中，不可以用调解的方式使双方达成协议，互相退让，取消诉讼，而必须由人民法院根据案情直接做出判决
。(5)诉讼不停止具体行政行为执行原则，是指尽管公民个体或企业事业单位提起了行政诉讼，但该具体行政行为并不会因此而停止，除非被告决定停止、法院裁定停止或根据某些法律法规要求应该停止。
(6)以行政机关为当然被告原则，是指在环境行政诉讼案件中，被告一定是与诉讼有关的具体行政行为的执行机关，而非执行该行政行为的工作人员。
