1、提出诉讼的主体不同
由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
环境行政公益诉讼对侵害环境的民事主体提起诉讼，而环境行政诉讼是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。
2、在是否需要诉前程序方面存在差异
环境行政公益诉讼的提出需要有公告的诉前程序，而环境行政诉讼则没有这个要求。
相关法律规定：《最高人民法院最高人民检察院关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第十三条 人民检察院在履行职责中发现破坏生态环境和资源保护，食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益，侵害英雄烈士等的姓名、肖像、名誉、荣誉等损害社会公共利益的行为，拟提起公益诉讼的，应当依法公告，公告期间为三十日。
公告期满，法律规定的机关和有关组织、英雄烈士等的近亲属不提起诉讼的，人民检察院可以向人民法院提起诉讼。
《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第18条规定：“对污染环境、破坏生态，已经损害社会公共利益或者具有损害社会公共利益重大风险的行为，原告可以请求被告承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失、赔礼道歉等民事责任。”
第19条规定：“原告为防止生态环境损害的发生和扩大，请求被告停止侵害、排除妨碍、消除危险的，人民法院可以依法予以支持。原告为停止侵害、排除妨碍、消除危险采取合理预防、处置措施而发生的费用，请求被告承担的，人民法院可以依法予以支持。”
第20条规定：“原告请求恢复原状的，人民法院可以依法判决被告将生态环境修复到损害发生之前的状态和功能。无法完全修复的，可以准许采用替代性修复方式。人民法院可以在判决被告修复生态环境的同时，确定被告不履行修复义务时应承担的生态环境修复费用;也可以直接判决被告承担生态环境修复费用。生态环境修复费用包括制定、实施修复方案的费用和监测、监管等费用。”
如果环境被污染、生态平衡被破坏等的情形，导致国家以及社会公众的环境利益已经受到侵害，或者是有受到侵害的可能，那么具有提出环境公益诉讼资格的检察院等，可以按照流程，向法院提交行政诉状。
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