1.选择复议原则
选择复议原则是指环境行政相对人对环境行政处理决定不服时，既可以向上一级环境行政主管机关申请复议，对复议决定不服，再向人民法院起诉，也可以不经过环境行政复议直接向人民法院起诉。也就是说，根据《行政诉讼法》和《环境保护法》等相关法律的规定，在我国，环境行政复议不是环境行政诉讼的必经程序，是否经过环境行政复议，由环境行政相对人自己选择。
这一原则包含两层含义：第一，环境行政诉讼只能对具体环境行政行为提起，相对人对抽象环境行政行为不服不能提起行政诉讼。具体环境行政行为是指环境行政主体及其工作人员在环境行政管理活动中，依法行使环境行政职权，针对特定的公民、法人或者其他组织，就特定的事项，作出的有关该公民、法人或者其他组织权利义务的单方行为。如环保局依法对某超标排污企业罚款的行为。抽象环境行政行为是指环境行政机关在行政管理活动中，依法制定、发布的针对不特定的环境行政管理相对入具有法律约束力的规范性文件。如国家环保总局颁布《环境保护法实施细则》。第二，人民法院对环境行政争议案件进行审理时，只审查具体环境行政行为是否合法，而具体环境行政行为是否精确、适当则不属于人民法院职权范围。
《行政诉讼法》第44条规定：“诉讼期间，不停止具体行政行为的执行。”因此，在环境行政诉讼期间，即使相对人认为具体环境行政行为违法，要求人民法院撤消或改变违法具体行政行为，但在人民法院代表国家依据有关法律、法规作出生效判决之前，具体环境行政行为仍然被推定为合法有效，也就要求得到执行。其根据是，具体环境行政行为是环境行政机关代表国家依据有关法律法规作出的，一旦作出即应推定为合法，该具体环境行政行为即具有相应的约束力、确定力和执行力。实行这一原则也有利于保证国家环境行政管理活动的正常进行。当然，在某些特殊情况下，具体环境行政行为应当停止执行，否则将可能造成不必要的损失。根据《行政诉讼法》第44条的规定，在以下3种情形下，具体环境行政行为要停止执行：
(1)被告认为需要停止执行的;
(2)原告申请停止执行，人民法院认为该具体环境行政行为的执行将会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害社会公共利益，裁定停止执行的;
(3)法律、法规规定停止执行的(到目前为止，环境保护法律法规尚无此类规定)。
4.不适用调解原则
不适用调解原则，是指人民法院审理环境行政案件，既不能把调解作为诉讼过程中的一个必经阶段，也不能把调解作为结案的一种方式。因为人民法院审理环境行政案件是对具体环境行政行为的合法性进行审查。环境行政机关作出具体环境行政行为，是其行使法定职权的表现，而对于这种法定职权，环境行政机关不得放弃或让步，否则即构成失职。环境行政机关作出的具体环境行政行为要么是合法，要么是违法，没有第三种可能。在环境行政诉讼中如适用要求争议双方作出某种程度的放弃或让步的调解，会造成环境行政机关法定职权的性质发生转变，这是绝对不能允许的。
5.有限司法变更权原则
司法变更权是指人民法院对被诉具体行政行为经过审理后改变该具体行政行为的权力。根据我国现行《行政诉讼法》的规定，人民法院在环境行政诉讼中的司法变更权仅限于环境行政处罚现失公正的情形下才可以行使，所以说，人民法院只能行使有限的司法变更权。
6.被告负举证责任原则
被告负举证责任原则是指在环境行政诉讼中，环境行政诉讼的被告负有证明其具体环境行政行为合法的责任，否则要承担败诉的风险。
综合上面所说的，环境行政诉讼一般是针对于对行政行为作出之后而当事人不服此结果的人才会实施的行为，一般在处理此行政诉讼案件时也需要按法律所规定的原则来进行判决，而且在起诉之后被告会负有举证的原则，如果证据不齐全，那么原告的诉求就会成立。
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