1、提出诉讼的主体不同
由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。环境行政公益诉讼
环境行政公益诉讼对侵害环境的民事主体提起诉讼，而环境行政诉讼是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。
2、在是否需要诉前程序方面存在差异
环境行政公益诉讼的提出需要有公告的诉前程序，而环境行政诉讼则没有这个要求。
相关法律规定：《最高人民法院最高人民检察院关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第十三条 人民检察院在履行职责中发现破坏生态环境和资源保护，食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益，侵害英雄烈士等的姓名、肖像、名誉、荣誉等损害社会公共利益的行为，拟提起公益诉讼的，应当依法公告，公告期间为三十日。
公告期满，法律规定的机关和有关组织、英雄烈士等的近亲属不提起诉讼的，人民检察院可以向人民法院提起诉讼。
二、行政诉讼和行政复议的区别:
1、二者受理的机关不同。行政诉讼由法院受理;行政复议由行政机关受理。
2、二者解决争议的性质不同。人民法院处理行政诉讼案件属于司法行为，适用《行政诉讼法》;行政机关处理行政争议属于行政行为的范围，应当适用《行政复议法》。
3、二者适用的程序不同。行政复议适用行政复议程序，而行政诉讼适用行政诉讼程序。行政复议程序简便、迅速、廉价，但公正性有限;行政诉讼程序复杂且需要更多的成本，但公正的可靠性大。
4、二者的审查强度不同。根据《行政诉讼法》的规定，原则上法院只能对行政主体行为的合法性进行审查;而根据《行政复议法》的规定，行政复议机关可以对行政主体行为的合法性和适当性进行审查。
5、二者的受理和审查范围不同。《行政诉讼法》和《行政复议法》对于受理范围均做了比较详细的规定。从列举事项来看，《行政复议法》的受案范围要广于《行政诉讼法》。
如果公民、单位等的合法权益，是因为环境保护机关实施的某行为而受到的侵害，那么可以选择向法院提出诉讼请求，也可以向有权受理复议请求的部门，提交环境行政复议申请书。
人民检察院有权提出环境行政等的公益诉讼，拟提起公益诉讼的，应当依法公告，公告期间为三十日。如果在公告期限届满之后，环境保护相关部门没有提出诉讼请求的，那么检察院就可以向人民法院提起公益诉讼。
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