1、主体不同
环境民事公益诉讼是对侵害环境的民事主体提起诉讼，而环境行政诉讼是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。
2、具体规定
环境民事公益诉讼法律上没有规定，环境行政诉讼是有具体规定的。由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
民事公益诉讼有别于普通民事诉讼。公益诉讼的起诉主体(即原告)突破了民诉法关于原告主体的一般规定。民诉法第一百一十九条规定的原告是“与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织”，而公益诉讼的起诉主体是法定的，只有法律规定的有关机关和法律规定的有关组织才有资格提起公益诉讼。民诉法作为基本法仅对公益诉讼的起诉主体作了原则性规定，具体到某类案件则是法律授权的机关和有权组织方能作为原告起诉。现行法律规定的有关“污染环境、侵害众多消费者合法权益”的公益诉讼规定的原告主体主要是法定的“行使海洋环境监督管理权的部门”、法定的有关“专门从事环境保护公益活动”的组织、中国消费者协会以及在省、自治区、直辖市设立的消费者协会等。但一些地区、一些法院在司法探索中，在案件范围和起诉主体上都有突破。一些机关和社会组织作为原告提起公益诉讼，也得到了民众的认可，并获得了很好的社会效果。
综合上面所说的，民事诉讼是因法人或者是自然人对环境破坏而提起的诉讼，对于行政诉讼是因行政执法人员因自己没有履行自己的职责而由被害人提起的诉讼，这两种所呈现的诉讼完全是不同的，只要主体不同最后导致的其它诉令的行为也是不同的，所以，不同案件所处理的方式也不一样。
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