1、审查内容。检察机关审查行政公益诉讼案件，应当查明：行政机关的法定职责、权限和法律依据;行政机关违法行使职权或者不作为的证据;国家利益或者社会公共利益受到侵害的事实及状态;行政机关违法行使职权或者不作为与损害后果之间存在因果关系;其他需要查明的内容。
2、讨论及审批程序。行政公益诉讼案件由检察官办案组办理。审查终结的，应当制作《诉前审查报告》并明确提出是否发出检察建议或终结审查的处理意见，并经集体讨论。集体讨论形成的意见，应当报检察长决定。检察长认为必要的，可以提请检察委员会讨论决定。
3、审查期限。办理行政公益诉讼案件拟作出终结审查或者提出检察建议决定的，应当自决定立案之日起三个月内办理终结。有特殊情况需要延长的，报经检察长决定。检察机关办理行政公益诉讼案件，鉴定、评估、审计期间及报送审批期间不计入审查期限。
综上所述，检察院在平时工作中发现政府机构有违法行为，其可以提出检查意见，如果政府机构没有处理，在回复期满后两个月内，检察院应该发起行政公益诉讼。检察院审查的时候，重点看政府机构行为和公共利益受损之间是否有必然联系。
1、行政赔偿之诉。
环境行政赔偿之诉是指公民、法人或其他组织的合法权益受到环境行政机关或其工作人员的具体行政行为侵犯造成损害时，向人民法院提起的要求赔偿的诉讼。我国《行政诉讼法》第67条明确规定提起行政诉讼的条件是：“公民、法人或者其他组织的合法权益受到行政机关或者行政机关工作人员作出的具体行政行为侵犯造成损害的。”环境行政诉讼作为行政诉讼的一个类型，当然适用这一规定。
2、环境履行之诉。
环境行政履行之诉是指环境行政相对人为要求环境行政机关及其工作人员履行其法定职责而向法院提起的诉讼。提起环境行政履行之诉的前提是环境行政机关负有法定的职责，而环境行政机关不履行或迟延履行，并且不履行或迟延履行没有正当的理由，即环境行政机关存在不作为的行为，如拒绝颁发排污许可证、环评批复报告、环保设施验收合格证等。
3、司法审查之诉。
环境行政司法审查之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为不合法或显失公正而要求法院进行审查的诉讼。环境行政司法审查之诉还可以进一步区分为环境行政变更之诉和环境行政撤销之诉。
(1)变更之诉环境行政变更之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为侵害了其合法利益，而请求法院通过司法裁判予以变更的诉讼。
(2)撤销之诉环境行政撤销之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为侵害了其合法利益，而请求法院确认环境行政机关的具体行政行为部分或全部违法，并部分或全部撤销环境行政机关的具体行政行为的诉讼。
环境行政诉讼的提起、受理、管辖和执行等内容适用行政诉讼的规定，与普通的行政诉讼并无区别。
一般的诉讼行为，被告都为公民，属于平等主体，但是在行政诉讼中，被告并非是公民，也不是民事主体，而是行政机关，该法律关系，属于不平等主体之间产生的法律纠纷，在起诉过程中，也要注意一定的法律问题，比如行政机关负责人也要出庭。
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