人民法院在审理环境侵权责任纠纷案件时，采取举证倒置的原则，具体是指法律直接规定的侵权诉讼案件中，由侵权人负责举证，证明与损害结果之间不存在因果关系或受害人有过错或者第三人有过错，也就是是将通常情形下本应由主张权利的一方当事人(一般是原告)就事由存在与否不负担举证责任,而转移由对方当事人(一般是被告)就事实存在或不存在承担举证责任,若是对方当事人不能提供证据证明事项的存在或不存在,则推定原告的事实主张成立的一种举证责任分配制度。
在一般的民事侵权诉讼中，如果原告不能提供充足的证据证明其请求成立，则要承担败诉的风险，而鉴于环境污染侵权的复杂性和实体公正性的考虑，世界上大多数国家在环境污染侵权诉讼上都采用举证倒置原则，我国亦如此。
根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》提出“因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任”。在环境污染责任中将此种因果关系举证责任倒置的规定予以强化，规定:“因污染环境发生纠纷，污染者应当就法律规定的不承担责任或者减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。”
举证责任倒置规则适用到环境侵权中，具体是指因果关系的倒置，即由污染者承担因果关系不存在的证明责任。在环境污染侵权诉讼中，其因果关系的认定比一般民事侵权案件中的因果关系认定要困难的多，为了保护环境和受害者的利益，一些国家规定在环境污染诉讼中，采取因果关系推定原则，只要加害人不能举证证明污染事实不存在，即推定污染损害因果关系成立，加害人依法应承担侵权的赔偿责任。
环境污染侵权举证责任倒置规则是由侵权人负责举证，证明与损害结果之间不存在因果关系或受害人有过错或者第三人有过错，是一种责任分配制度，是考虑到环境污染侵权的复杂性和实体公正性而设置的。
综上所述，举证倒置原则基于法律规定，将通常情形下本应由提出主张的一方当事人(一般是原告)就事由不负担举证责任，而由他方当事人(一般是被告)就事实存在或不存在承担举证责任，如果该方当事人不能就此举证证明，则推定原告的事实主张成立的一种举证责任分配制度，对于环境污染等许多民事诉讼案件中应用广泛，对民事侵权案件中合法保障被侵权人合法权益起到积极的作用。
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