1、合法原则。生态环境部门应当在法律、法规、规章确定的裁量条件、种类、范围、幅度内行使行政处罚自由裁量权。
2、合理原则。行使行政处罚自由裁量权，应当符合立法目的，充分考虑、全面衡量地区经济社会发展状况、执法对象情况、危害后果等相关因素，所采取的措施和手段应当必要、适当。
3、过罚相当原则。行使行政处罚自由裁量权，必须以事实为依据，处罚种类和幅度应当与当事人违法过错程度相适应，与环境违法行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
4、公开公平公正原则。行使行政处罚自由裁量权，应当向社会公开裁量标准，向当事人告知裁量所基于的事实、理由、依据等内容;应当平等对待行政管理相对人，公平、公正实施处罚，对事实、性质、情节、后果相同的情况应当给予相同的处理。
第一、法定原则
处罚法定原则是行政合法性原则在行政处罚行为中的集中体现。主要内容是：
1、处罚依据是法定的;
2、实施处罚的主体是法定的;
3、实施处罚的职权是法定的;
4、处罚程序是法定的。
第二、三公原则
公开、公正、公平原则
处罚公正原则要求不能违反公正的程序。
处罚公平原则要求行政主体在行政处罚中必须依法裁判，公平地处罚违法行为人。既不能同等情况给予不同处罚，也不能不同情况给予相同处罚。
第三、适应违法行为原则
实施的行政处罚，必须与受罚人的违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相适应，亦即行政处罚的种类、轻重程度及其减免均应与违法行为相适应。
第四、一事不再罚原则
一行为不再罚原则应在四个层面上运作。
(1)一行为不再理。行政主体对行为人的第一个处理尚未失去效力时，不能基于同一事实和理由给予第二次处理，除非第二个处理是对第一个处理的补充、更正或者补正。如果第一个处理违法不当，行政主体应当先撤销，再重新处理。如果第一个处理合法正确但未达行政目标，行政主体应充分考虑信赖保护原则，必须撤销的，应依法给受损失的相对人一定的补偿。
(2)一行为不再罚。除了法律有明确规定或者依基本法理和法律规则合理推定，如合并处罚、一事多层罚、一事罚多人、一事多行为等情形以外，行政主体应严格遵循一个行为一次处罚的原则。
(3)一行为不再同种罚。对于行为人的同一个违法行为，行政主体不能给予两个以上相同种类的处罚。这主要指一个违法行为触犯几个法律条文的情形，即法理上所称法条竞合或者规范竞合。一旦出现规范竞合，应当允许各个法律条文对应的相关行政主体依据不同理由分别作出处罚。但为体现相对公平和公正，各行政主体不能对行为人采取相同种类的处罚。
(4)一行为不得两次以上罚款。对于行为人的同一个违法行为，无论触犯几个法律条文，构成几个处罚理由，以及由几个行政主体实施处罚，只能给予一次罚款。如果几个行政主体对涉案违法行为都有权罚款，根据效力优先原则，应该是谁先罚款谁有效。
当然，一行为不再罚也不是一个恒定的法律原则，它有以下几个例外：
(1)合并处罚。在法定并处的情况下，因可以并处的处罚种类极有可能在程序尤其是时限上不一致，故并处的几种处罚可以在时间上有先有后，并可以采用几个不同的处罚决定书。
(2)一事多层罚。对于法人或者其他组织违法的，如果法律有明确规定，行政主体可以采用不同的处罚决定书，分别对法人或者其他组织、法定代表人或者主要负责人以及直接责任人进行处罚。
(3)一事罚多人。几个违法行为人共同违法的，行政主体可以以不同处罚决定书，对各该违法行为人分别处罚。
(4)一事多行为。某一个违法事件涵盖多个违法行为时，如果各该违法行为性质不同，在法律上应构成不同处罚理由，行政主体可以以违法行为为单位分别作出处罚;如果各该违法行为性质相同，则构成法律上的连续行为，行政主体只能以一个违法行为作出一个处罚。
在当代的社会，我们国家法律当中虽然赋予了环境行政主管部门一定自由裁量的权利，但是并不意味着自由裁量权不受任何的限制，也需要遵守一定的基本原则，包括求公平、公正的原则，合法合理的原则。
