第一，针对的行为不同。行政处罚针对的是公民、法人或者其他组织违反国家法律、法规，尚未构成犯罪的、应当依法承担行政责任的行为。而刑罚针对的则是已经触犯《刑法》，构成犯罪的行为。性质相同的行为，由于恶劣程度不同，造成的后果不同，就会受到不同性质的处罚。
第二，作出处罚所适用的依据不同。行政处罚的依据有法律、行政法规、地方性法规、行政规章等;而刑罚的适用依据只能是《刑法》，以及全国人大作出的刑法修正案。虽然二者的作出都需要有法定依据，但是对依据要求的严格性是不同的，比如，省人民代表大会可以制定地方性法规，为了本地行政管理的需要而规定对某种行为处以行政处罚，但是却不可能规定对某种《刑法》没有规定的行为处以刑罚。
第三，处罚实施的机关不同。行政处罚的实施主体是法律、法规授权的国家行政机关和其他非行政机关组织。它的实施主体要比刑罚的实施主体广泛得多。刑罚只能由法院决定，然后交给执行机关。如有期徒刑和无期徒刑交给监狱实施，刑期较短或者是剩余时间不到一年的短期徒刑交给看守所来实施，管制交当地公安机关执行，拘役交给拘役所来执行等。有些刑罚如罚金也可以由法院来执行。
第四，处罚种类不同。刑罚包括主刑和附加刑两类。主刑包括管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑和死刑;附加刑包括罚金、剥夺政治权利和没收财产，此外还有适用于外国人犯罪的驱逐出境。行政处罚的种类包括警告、罚款、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销营业执照、没收非法财物、没收违法所得、行政拘留等。行政处罚虽然也有针对人身的，但是只有一种，即行政拘留，而且行政拘留的上限是15天，在严厉程度上是无法与刑罚相比的。
第五，违法行为人的主观心理对承担责任的影响不同。在刑事领域，行为人主观是故意还是过失，是积极的追求行为结果，还是放任结果的发生，或者是应该预见到结果发生但是没有预见到，或者是已经预见到结果的发生但轻信自己可以避免，这样的心理状态对罪与非罪，以及此罪与彼罪的确定有着决定意义。但是在行政处罚的过程中，行为人主观上是故意还是过失对于违法行为的确定并不是那么重要，只要主观上有过错，客观上实施了行政违法行为，就可以认为构成了行政违法，就可以进行行政处罚。
综合上面所说的，环境行政处罚与刑事处罚完全是属于不同性质，一种是属于违法的行为，而另一种是属于犯罪行为，不仅处罚的执法机关不一样，而对于处罚的种类，还有适用的法律种类都是不同的，所以，案件在处理的时候就需要结合实际情况来，这样才能更好的办理。
