环境行政处罚的性质是行政制裁。环境行政处罚，是指环境保护行政机关依照环境保护法规，对犯有一般环境违法行为的个人或组织作出的具体的行政制裁措施。其直接结果是确定环境行政责任，包括罚款、责令停产等多种具体形式。广泛适用于不同的环境违法行为。根据中国环境保护法律法规的规定，环境违法的行政处罚只能由依法行使环境保护监督管理权的行政机关，按法定程序作出并付诸执行。被处罚的个人或组织如果不服，有权提起行政复议或行政诉讼。
环境行政处分和环境行政处罚虽然都是环境行政主体所作的制裁行为，但两者从根本上说是不同的行政制裁方式，其区别主要表现为：
1.制裁的对象不同。环境行政处罚制裁的对象是违反环境行政法律规范的公民、法人或其他组织;环境行政处分的对象仅限于环境行政主体系统内部的公务员。
2.采取的形式不同。环境行政处罚的形式有：警告、罚款、责令停产停业、责令重新安装或使用、责令支付消除污染费用、责令赔偿国家损失等;行政处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职和开除六种形式。
3.行为的性质不同。环境行政处罚属于外部行政行为，以行政管辖关系为基础;环境行政处分属于内部行政行为，以行政隶属关系为前提。
4.所依据的法律、法规不同。环境行政处罚依据的是有关污染防治和自然资源保护方面的法律、法规，如《环境保护法》，《大气污染防治法》，《矿产资源法》等;环境行政处分则由有关行政机关工作人员或公务员的法律规范调整，如《国家公务员暂行条例》、《行政监察条例》等。
5.救济途径不同。对环境行政处罚不服的，除法律、法规另有规定外，环境行政相对人可申请复议或提起行政诉讼;对于环境行政处分不服的，被处分的公务员只能向作出处分决定的机关的上一级机关或监察部门申诉。
对于环境行政处罚的认定，是需要由国家的环保行政部门根据当事人的实际行政违法行为来进行合法认定处理的，具体情况下还需要根据环境违法违规的具体情节来进行处理，造成了严重的后果的还可能涉及到刑事责任。
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