(一)基本原则。
1.合法原则。生态环境部门应当在法律、法规、规章确定的裁量条件、种类、范围、幅度内行使行政处罚自由裁量权。
2.合理原则。行使行政处罚自由裁量权，应当符合立法目的，充分考虑、全面衡量地区经济社会发展状况、执法对象情况、危害后果等相关因素，所采取的措施和手段应当必要、适当。
3.过罚相当原则。行使行政处罚自由裁量权，必须以事实为依据，处罚种类和幅度应当与当事人违法过错程度相适应，与环境违法行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
4.公开公平公正原则。行使行政处罚自由裁量权，应当向社会公开裁量标准，向当事人告知裁量所基于的事实、理由、依据等内容;应当平等对待行政管理相对人，公平、公正实施处罚，对事实、性质、情节、后果相同的情况应当给予相同的处理。
(二)健全规范配套制度。
1.查处分离制度。将生态环境执法的调查、审核、决定、执行等职能进行相对分离，使执法权力分段行使，执法人员相互监督，建立既相互协调、又相互制约的权力运行机制。
2.执法回避制度。执法人员与其所管理事项或者当事人有直接利害关系、可能影响公平公正处理的，不得参与相关案件的调查和处理。
3.执法公示制度。强化事前、事后公开，向社会主动公开环境保护法律法规、行政执法决定等信息。规范事中公示，行政执法人员在执法过程要主动表明身份，接受社会监督。
4.执法全过程记录制度。对立案、调查、审查、决定、执行程序以及执法时间、地点、对象、事实、结果等做出详细记录，并全面系统归档保存，实现全过程留痕和可回溯管理。
5.重大执法决定法制审核制度。对涉及重大公共利益，可能造成重大社会影响或引发社会风险，直接关系行政相对人或第三人重大权益，经过听证程序作出行政执法决定，以及案件情况疑难复杂、涉及多个法律关系的案件，设立专门机构和人员进行严格法制审核。
6.案卷评查制度。上级生态环境部门可以结合工作实际，组织对下级生态环境部门的行政执法案卷评查，将案卷质量高低作为衡量执法水平的重要依据。
7.执法统计制度。对本机构作出行政执法决定的情况进行全面、及时、准确的统计，认真分析执法统计信息，加强对信息的分析处理，注重分析成果的应用。
8.裁量判例制度。生态环境部门可以针对常见环境违法行为，确定一批自由裁量权尺度把握适当的典型案例，为行政处罚自由裁量权的行使提供参照。
第二条 制定裁量规则和基准的总体要求
(三)制定的主体。省级生态环境部门应当根据本意见提供的制定方法，结合本地区法规和规章，制定本地区行政处罚自由裁量规则和基准。鼓励有条件的设区的市级生态环境部门对省级行政处罚自由裁量规则和基准进一步细化、量化。
(四)制定的原则。制定裁量规则和基准应当坚持合法、科学、公正、合理的原则，结合污染防治攻坚战的要求，充分考虑违法行为的特点，按照宽严相济的思路，突出对严重违法行为的惩处力度和对其他违法行为的震慑作用，鼓励和引导企业即时改正轻微违法行为，促进企业环境守法。
制定裁量规则和基准应当将主观标准与客观标准相结合，在法律、法规和规章规定的处罚种类、幅度内，细化裁量标准，压缩裁量空间，为严格执法、公正执法、精准执法提供有力支撑。
(五)制定的基本方法。制定裁量规则和基准，要在总结实践经验的基础上，根据违法行为构成要素和违法情节，科学设定裁量因子和运算规则，实现裁量额度与行政相对人违法行为相匹配，体现过罚相当的处罚原则。
制定自由裁量规则和基准，应当综合考虑以下因素：违法行为造成的环境污染、生态破坏以及社会影响;违法行为当事人的主观过错程度;违法行为的具体表现形式;违法行为危害的具体对象;违法行为当事人是初犯还是再犯;改正环境违法行为的态度和所采取的改正措施及效果。
制定裁量规则和基准，应当及时、全面贯彻落实新出台或修订法律法规规定，对主要违法行为对应的有处罚幅度的法律责任条款基本实现全覆盖。裁量规则和基准不应局限于罚款处罚，对其他种类行政处罚的具体适用也应加以规范。
严格按照环境保护法及其配套办法规定的适用范围和实施程序，进一步细化规定实施按日连续处罚、查封、扣押、限制生产、停产整治，以及移送公安机关适用行政拘留的案件类型和审查流程，统一法律适用。对符合上述措施实施条件的案件，严格按规定进行审查，依法、公正作出处理决定，并有充分的裁量依据和理由。对同类案件给予相同处理，避免执法的随意性、任意性。
有条件的生态环境部门可充分运用信息化手段，开发和运用电子化的自由裁量系统，严格按照裁量规则和基准设计并同步更新。有条件的省级生态环境部门，应当建立省级环境行政处罚管理系统，实现统一平台、统一系统、统一裁量，并与国家建立的环境行政处罚管理系统联网。
生态环境部将在“全国环境行政处罚案件办理系统”中设置“行政处罚自由裁量计算”功能，通过输入有关裁量因子，经过内设函数运算，对处罚额度进行模拟裁量，供各地参考。
第三条 制定裁量规则和基准的程序
(六)起草和发布。生态环境部门负责行政处罚案件审查的机构具体承担裁量规则和基准的起草和发布工作。起草时应当根据法律法规的制定和修改以及国家生态文明政策的调整，结合地方实际，参考以往的处罚案例，深入调查研究，广泛征求意见，按照规范性文件的制定程序组织实施。
(七)宣传和实施。生态环境部门发布裁量规则和基准后，应当配套编制解读材料，就裁量规则和基准的使用进行普法宣传和解读。有条件的地区还可以提供模拟裁量的演示系统。
(八)更新和修订。生态环境部门应当建立快速、严谨的动态更新机制，对已制定的裁量规则和基准进行补充和完善，提升其科学性和实用性。
第四条 裁量规则和基准的适用
(九)调查取证阶段。环境违法案件调查取证过程中，执法人员应当以裁量规则和基准为指导，全面调取有关违法行为和情节的证据;在提交行政处罚案件调查报告时，不仅要附有违法行为的定性证据，还应根据裁量因子提供有关定量证据。开发使用移动执法平台的，应当与裁量系统相衔接，为执法人员现场全面收集证据、正确适用法律提供帮助。
(十)案件审查阶段。案件审查过程中，案件审查人员应当严格遵守裁量规则和使用裁量基准，对具体案件的处罚额度提出合理的裁量建议;经集体审议的案件也应当专门对案件的裁量情况进行审议，书面记录审议结果，并随案卷归档。
(十一)告知和听证阶段。生态环境部门应当在告知当事人行政处罚有关违法事实、证据、处罚依据时，一并告知行政处罚裁量权的适用依据，及其陈述申辩权利。当事人陈述申辩时对自由裁量适用提出异议的，应当对异议情况进行核查，对合理的意见予以采纳，不得因当事人的陈述申辩而加重处罚。
(十二)决定阶段。生态环境部门在作出处罚决定时，应当在处罚决定书中载明行政处罚自由裁量的适用依据和理由，以及对当事人关于裁量的陈述申辩意见的采纳情况和理由。
(十三)裁量的特殊情形。
1.有下列情形之一的，可以从重处罚。
(1)两年内因同类环境违法行为被处罚3次(含3次)以上的;
(2)重污染天气预警期间超标排放大气污染物的;
(3)在案件查处中对执法人员进行威胁、辱骂、殴打、恐吓或者打击报复的;
(4)环境违法行为造成跨行政区域环境污染的;
(5)环境违法行为引起不良社会反响的;
(6)其他具有从重情节的。
2.有下列情形之一的，应当依法从轻或者减轻行政处罚。
(1)主动消除或者减轻环境违法行为危害后果的;
(2)受他人胁迫有环境违法行为的;
(3)配合生态环境部门查处环境违法行为有立功表现的;
(4)其他依法从轻或者减轻行政处罚的。
3.有下列情形之一的，可以免予处罚。
(1)违法行为(如“未批先建”)未造成环境污染后果，且企业自行实施关停或者实施停止建设、停止生产等措施的;
(2)违法行为持续时间短、污染小(如“超标排放水污染物不超过2小时，且超标倍数小于0.1倍、日污水排放量小于0.1吨的”;又如“不规范贮存危险废物时间不超过24小时、数量小于0.01吨，且未污染外环境的”)且当日完成整改的;
(3)其他违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的。
第五条 裁量权运行的监督和考评
(十四)信息公开。生态环境部门制定的裁量规则和基准规范性文件，应当按照上级生态环境部门和同级政府信息公开的要求，在政府网站发布，接受社会监督。
(十五)备案管理。生态环境部门应当在裁量规则和基准制发或变更后15日内报上一级生态环境部门备案。
(十六)适用监督。上级生态环境部门应当通过对行政处罚案卷的抽查、考评以及对督办案件的审查等形式，加强对下级生态环境部门裁量规则和基准适用的指导;发现裁量规则和基准设定明显不合理、不全面的，应当提出更新或者修改的建议。对不按裁量规则和基准进行裁量，不规范行使行政处罚自由裁量权构成违法违纪的，依法追究法律责任。
行政处罚裁量权，就是对行政处罚实施机关在职权范围内决定对当事人的违法行为是否给予处罚、给予什么处罚的权限。
1、具有法定行政处罚权的行政机关
具有法定行政处罚权的行政机关主要是依法履行外部行政管理职能，依法得到明确授权，代表国家在某一领域内行使行政管理权限的行政机关。包括各级人民政府以及公安、工商、税务、土地、审计、卫生等部门。
2、法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织
工商所、税务所、公安派出所等行政机关的派出机构依相应法律、法规享有一定的行政处罚权，他们必须在授权法规定的行政处罚的种类、幅度范围内实施行政处罚。超过授权法规定的处罚种类、幅度、数额的限制，该行政处罚无效。如《税收征收管理法》第四十九条规定，税务所可对个体工商户及未取得营业执照而从事经营的单位、个人实施罚款数额在一千元以下的行政处罚。
3、受行政机关委托行使一定行政处罚权的受托组织
根据行政管理的实际的需要，行政机关依照法律、法规、规章的规定，可以在其法定权限内符合法定条件的组织实施行政处罚，如《治安管理处罚法》规定在农村没有公安派出所的地方，对违反治安管理行为处以警告、五十元以下罚款的，可以由公安机关委托乡(镇)人民政府裁决。
虽然我国实行的是依法治国的政策，但由于社会环境复杂多变等的原因，法律规范并不能囊括所有的违法行为，这也是环境保护主管部门等的行政机关享有自由裁量权的其中一项原因。有关机关在行使此项权利的时候，需要遵守相关的法律规定。
