1.立案。立案是指环境行政主体对于公民、法人或者其他组织的控告检举材料和自己发现的违法行为，认为需要给予环境行政违法人行政处罚，并决定进行调查处理的活动。立案应当填写专门形式的《立案报告表》，立案后应指派承办人员负责案件的调查工作。
2.调查取证。调查取证是案件承办人员对于案件事实调查核实、收集证据的过程。根据《行政处罚法》的规定，环境行政主体在调查或者依法进行检查时，执法人员不得少于两人，并应向当事人或有关人员出示证件。环境执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。环境执法人员应全面、客观、公正地调查、收集有关证据，并可以采取抽样取证的方法;在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并在7日内及时作出处理决定。
3.审查调查结果。调查终结后，案件承办人员应提出有关事实结论和处理结论的书面意见，由环境行政主体负责人审查批准。对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，环境行政部门的负责人应当集体讨论决定。在决定作出之前应依法向当事人履行告知义务，并听取当事人的陈述和申辩。
4.制作行政处罚决定书。对于决定给予行政处罚的，环境行政部门必须制作符合法律规定的《行政处罚决定书》。
5.处罚决定书的送达。行政处罚决定书制作后，应当在宣告后当场交付当事人;当事人不在场的，环境执法部门应当在7日内依照《民事诉讼法》的有关规定，根据案件具体情况以直接送达、留置送达、转交送达、委托送达、邮寄送达或公告送达等方式送达当事人。
环境行政处分和环境行政处罚虽然都是环境行政主体所作的制裁行为，但两者从根本上说是不同的行政制裁方式，其区别主要表现为：
1.制裁的对象不同。环境行政处罚制裁的对象是违反环境行政法律规范的公民、法人或其他组织;环境行政处分的对象仅限于环境行政主体系统内部的公务员。
2.采取的形式不同。环境行政处罚的形式有：警告、罚款、责令停产停业、责令重新安装或使用、责令支付消除污染费用、责令赔偿国家损失等;行政处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职和开除六种形式。
3.行为的性质不同。环境行政处罚属于外部行政行为，以行政管辖关系为基础;环境行政处分属于内部行政行为，以行政隶属关系为前提。
4.所依据的法律、法规不同。环境行政处罚依据的是有关污染防治和自然资源保护方面的法律、法规，如《环境保护法》，《大气污染防治法》，《矿产资源法》等;环境行政处分则由有关行政机关工作人员或公务员的法律规范调整，如《国家公务员暂行条例》、《行政监察条例》等。
5.救济途径不同。对环境行政处罚不服的，除法律、法规另有规定外，环境行政相对人可申请复议或提起行政诉讼;对于环境行政处分不服的，被处分的公务员只能向作出处分决定的机关的上一级机关或监察部门申诉。
在司法实践中，对于公民或者个人严重的环境污染行为的，应当首先由政府的环境行政管理部门来进行调查认定，并给予规定的行政处罚。但是对于达到了刑事立案标准的严重环境污染行为，是需要起诉到法院进行判决处理的。
