1、环境保护行政主管部门对通过检查发现或者接到举报、控告、移送的环境违法行为，应予审查，并在7日内决定是否立案。
2、环境保护行政主管部门对登记立案的环境违法行为，必须指定专人负责，及时组织调查取证。
执法人员调查取证时，应当向当事人或者有关人员出示行政执法证件。询问或者调查应当制作笔录。
3、环境保护执法人员在调查过程中，有权进入现场进行调查和取证，查阅或者复制排污单位的排污记录和其他有关资料。
环境保护行政主管部门及其执法人员应当为被调查单位或者个人保守有关技术秘密和业务秘密。
4、环境保护行政主管部门对立案查处的环境违法行为，需要进行环境监测的，应当组织环境监测机构或者经环境保护行政主管部门确认的其他监测机构进行监测。环境监测机构和经确认的其他监测机构，应当出具环境监测结果报告。
环境监测结果报告经环境保护行政主管部门审查属实，可以作为查处环境违法行为的证据。
5、调查终结，环境保护行政主管部门组织调查的机构应当提出已查明违法行为的事实和证据以及依法给予行政处罚的初步意见，送本部门法制机构审查。
6、环境保护行政主管部门法制工作机构应对案件的以下内容进行审查：
(一)违法事实是否清楚;
(二)证据是否确凿;
(三)调查取证是否符合法定程序;
(四)适用法律是否正确;
(五)处罚种类和幅度是否适当;
(六)当事人陈述和申辩的理由是否成立。
经审查发现违法事实不清、证据不足或者调查取证不符合法定程序时，应当通知执行调查任务的执法人员补充调查取证或者依法重新调查取证。
审查终结，法制工作机构应当提出处理意见，报本部门负责人审批。
7、环境保护行政主管部门的负责人经过审议，分别作出如下处理：
(一)违法事实不能成立或者违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚。
(二)违法事实成立，决定给予行政处罚的，由本部门法定代表人签发《环境行政处罚决定书》，对其中重大环境违法行为给予处罚或者给予较重行政处罚的，本部门的负责人应当集体讨论决定。
(三)法律、法规和规章规定行政处罚必须报请上级环境保护行政主管部门批准的，应以书面形式报告，经批准后方可作出处罚决定。
(四)法律、法规和规章规定由人民政府实施处罚的，应在提出处罚意见后，连同全部案件材料报人民政府决定是否实施行政处罚。
(五)环境违法行为触犯刑法，涉嫌构成犯罪的，将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。
8、环境保护行政主管部门依法作出行政处罚决定后，由法制工作机构负责制作行政处罚决定书。
9、环境保护行政处决定书，应当载明法律规定的事项。
环境保护行政主管部门就罚款制作的行政处罚决定书，应当载明当事人应当缴纳的罚款数额、期限及缴纳方法，并应明确对当事人逾期缴纳罚款是否加处罚款。
10、环境保护行政处罚案件自立案之日起，应当在3个月内作出处理决定。特殊情况需要延长时间的，环境保护行政主管部门应当书面告知案件当事人，并说明理由。
11、作出行政处罚决定的环境保护行政主管部门应在作出处罚决定之日起的7日内，将行政处罚决定书送达被处罚人，并根据需要将副本抄送与案件有关的单位。
受送达人应在送达回执上记明收到日期，并签名或者盖章。受送达人在送达回执上的签收日期即为送达日期。
受送达人拒绝签收的，送达人应当邀请有关人员到场见证，说明情况，并在送达回执上记明拒收理由和日期，把处罚决定书留置受送达人处，即视为送达。受送达人不在，可由其所在单位的领导或者成年家属代为签收。
邮寄送达以挂号回执上注明的日期为送达日期。
二、行政听证的程序
第四十二条行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利;当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。听证依照以下程序组织：
(一)当事人要求听证的，应当在行政机关告知后三日内提出;
(二)行政机关应当在听证的七日前，通知当事人举行听证的时间、地点;
日常生活当中，对于一些污染环境、破坏环境的行为，有权机关应当严肃处理，必要时给予一定的行政处罚。当然，接受到公民的控告和检举之后，需要进行调查，确定存在污染环境的行为，才能够对此进行处罚，并且下达行政处罚决定书。
