环境保护行政处罚程序分为一般程序和简易程序。环境保护行政处罚一般程序
1、环境保护行政主管部门对通过检查发现或者接到举报、控告、移送的环境违法行为，应予审查，并在7日内决定是否立案。
2、环境保护行政主管部门对登记立案的环境违法行为，必须指定专人负责，及时组织调查取证。
执法人员调查取证时，应当向当事人或者有关人员出示行政执法证件。询问或者调查应当制作笔录。
3、环境保护执法人员在调查过程中，有权进入现场进行调查和取证，查阅或者复制排污单位的排污记录和其他有关资料。
环境保护行政主管部门及其执法人员应当为被调查单位或者个人保守有关技术秘密和业务秘密。
4、环境保护行政主管部门对立案查处的环境违法行为，需要进行环境监测的，应当组织环境监测机构或者经环境保护行政主管部门确认的其他监测机构进行监测。环境监测机构和经确认的其他监测机构，应当出具环境监测结果报告。
环境监测结果报告经环境保护行政主管部门审查属实，可以作为查处环境违法行为的证据。
5、调查终结，环境保护行政主管部门组织调查的机构应当提出已查明违法行为的事实和证据以及依法给予行政处罚的初步意见，送本部门法制机构审查。
6、环境保护行政主管部门法制工作机构应对案件的以下内容进行审查：
(一)违法事实是否清楚;
(二)证据是否确凿;
(三)调查取证是否符合法定程序;
(四)适用法律是否正确;
(五)处罚种类和幅度是否适当;
(六)当事人陈述和申辩的理由是否成立。
经审查发现违法事实不清、证据不足或者调查取证不符合法定程序时，应当通知执行调查任务的执法人员补充调查取证或者依法重新调查取证。
审查终结，法制工作机构应当提出处理意见，报本部门负责人审批。
7、环境保护行政主管部门的负责人经过审议，分别作出如下处理：
(一)违法事实不能成立或者违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚。
(二)违法事实成立，决定给予行政处罚的，由本部门法定代表人签发《环境行政处罚决定书》，对其中重大环境违法行为给予处罚或者给予较重行政处罚的，本部门的负责人应当集体讨论决定。
(三)法律、法规和规章规定行政处罚必须报请上级环境保护行政主管部门批准的，应以书面形式报告，经批准后方可作出处罚决定。
(四)法律、法规和规章规定由人民政府实施处罚的，应在提出处罚意见后，连同全部案件材料报人民政府决定是否实施行政处罚。
(五)环境违法行为触犯刑法，涉嫌构成犯罪的，将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。
8、环境保护行政主管部门依法作出行政处罚决定后，由法制工作机构负责制作行政处罚决定书。
9、环境保护行政处决定书，应当载明法律规定的事项。
环境保护行政主管部门就罚款制作的行政处罚决定书，应当载明当事人应当缴纳的罚款数额、期限及缴纳方法，并应明确对当事人逾期缴纳罚款是否加处罚款。
10、环境保护行政处罚案件自立案之日起，应当在3个月内作出处理决定。特殊情况需要延长时间的，环境保护行政主管部门应当书面告知案件当事人，并说明理由。
11、作出行政处罚决定的环境保护行政主管部门应在作出处罚决定之日起的7日内，将行政处罚决定书送达被处罚人，并根据需要将副本抄送与案件有关的单位。
受送达人应在送达回执上记明收到日期，并签名或者盖章。受送达人在送达回执上的签收日期即为送达日期。
受送达人拒绝签收的，送达人应当邀请有关人员到场见证，说明情况，并在送达回执上记明拒收理由和日期，把处罚决定书留置受送达人处，即视为送达。受送达人不在，可由其所在单位的领导或者成年家属代为签收。
邮寄送达以挂号回执上注明的日期为送达日期。
有下列情形之一的，可以认定为重大环境违法法违规行为：
(一)偷排污染物或者故意不正常使用处理设施且排放污染物超标严重的。
(二)将危险废物以倾倒、填埋等方式直接进入水体、土壤、海洋等环境并有主观意图的。
(三)拒绝、阻扰环保执法人员依法实施现场监督检查或者拒不配合环境违法案件查处工作的。
(五)以欺骗、虚假手段取得环保行政许可的。
(六)因违法排污造成环境污染事故的。
(七)被责令停产整治的。
(八)逾期未完成限制治理任务，被责令停产或停业的。
(九)被实施环境行政强制措施的。
(十)其他严重违反环保法律、法规、规章规定的环境行为。
第一、法定原则
处罚法定原则是行政合法性原则在行政处罚行为中的集中体现。主要内容是：
1、处罚依据是法定的;
2、实施处罚的主体是法定的;
3、实施处罚的职权是法定的;
4、处罚程序是法定的。
第二、三公原则
公开、公正、公平原则
处罚公正原则要求不能违反公正的程序。
处罚公平原则要求行政主体在行政处罚中必须依法裁判，公平地处罚违法行为人。既不能同等情况给予不同处罚，也不能不同情况给予相同处罚。
第三、适应违法行为原则
实施的行政处罚，必须与受罚人的违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相适应，亦即行政处罚的种类、轻重程度及其减免均应与违法行为相适应。
第四、一事不再罚原则
一行为不再罚原则应在四个层面上运作。
(1)一行为不再理。行政主体对行为人的第一个处理尚未失去效力时，不能基于同一事实和理由给予第二次处理，除非第二个处理是对第一个处理的补充、更正或者补正。如果第一个处理违法不当，行政主体应当先撤销，再重新处理。如果第一个处理合法正确但未达行政目标，行政主体应充分考虑信赖保护原则，必须撤销的，应依法给受损失的相对人一定的补偿。
(2)一行为不再罚。除了法律有明确规定或者依基本法理和法律规则合理推定，如合并处罚、一事多层罚、一事罚多人、一事多行为等情形以外，行政主体应严格遵循一个行为一次处罚的原则。
(3)一行为不再同种罚。对于行为人的同一个违法行为，行政主体不能给予两个以上相同种类的处罚。这主要指一个违法行为触犯几个法律条文的情形，即法理上所称法条竞合或者规范竞合。一旦出现规范竞合，应当允许各个法律条文对应的相关行政主体依据不同理由分别作出处罚。但为体现相对公平和公正，各行政主体不能对行为人采取相同种类的处罚。
(4)一行为不得两次以上罚款。对于行为人的同一个违法行为，无论触犯几个法律条文，构成几个处罚理由，以及由几个行政主体实施处罚，只能给予一次罚款。如果几个行政主体对涉案违法行为都有权罚款，根据效力优先原则，应该是谁先罚款谁有效。
当然，一行为不再罚也不是一个恒定的法律原则，它有以下几个例外：
(1)合并处罚。在法定并处的情况下，因可以并处的处罚种类极有可能在程序尤其是时限上不一致，故并处的几种处罚可以在时间上有先有后，并可以采用几个不同的处罚决定书。
(2)一事多层罚。对于法人或者其他组织违法的，如果法律有明确规定，行政主体可以采用不同的处罚决定书，分别对法人或者其他组织、法定代表人或者主要负责人以及直接责任人进行处罚。
(3)一事罚多人。几个违法行为人共同违法的，行政主体可以以不同处罚决定书，对各该违法行为人分别处罚。
(4)一事多行为。某一个违法事件涵盖多个违法行为时，如果各该违法行为性质不同，在法律上应构成不同处罚理由，行政主体可以以违法行为为单位分别作出处罚;如果各该违法行为性质相同，则构成法律上的连续行为，行政主体只能以一个违法行为作出一个处罚。
第五、结合教育原则
行政处罚是法律制裁的一种形式，但又不仅仅是一种制裁，它兼有惩戒与教育的双重功能。处罚不是目的，而是手段，通过处罚达到教育的目的。行政机关在行政处罚的适用中应当始终坚持教育与处罚相结合。
第六、民事刑事责任适用原则
民事刑事适用原则是指不免除民事责任、不取代刑事责任的原则。行政相对方因违法受到行政处罚，其违法行为对他人造成损害的，应当依法承担民事责任。违法行为严重构成犯罪的，应当依法追究刑事责任。不得以已给予行政处罚而免于追究其民事责任或刑事责任。因为行政制裁与民事制裁、刑事制裁的性质及对象等是不同的。
第七、申诉和赔偿原则
相对方对行政主体给予的行政处罚依法享有陈述权、申辩权;对行政处罚决定不服的，有权申请复议或者提起行政诉讼。相对方因违法行政处罚受到损害的，有权提出赔偿要求。在行政处罚中必须提供充分的救济，才能真正保障相对方的权利。
第八、处罚追究时效原则自违法行为终止之日算起，二年内未追究责任的不再处罚。单行条例中另有规定的依规定。
在当代的社会，环境保护问题一直以来都是困扰着人们的问题，因为即使法律当中也规定了不允许存在污染环境的行为，但是仍然会有很多的工厂为了谋取暴利而从事一些破坏环境行为，如果造成的后果非常严重的，应当按照一般的程序来进行处罚，否则可以适用简易程序。
