(一)准确适用法规条款
1.高位法优先适用规则
环保法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章;环保行政法规的效力高于地方性法规、规章;环保地方性法规的效力高于本级和下级政府规章;省级政府制定的环保规章的效力高于本行政区域内的较大的市政府制定的规章。
2.特别法优先适用规则
同一机关制定的环保法律、行政法规、地方性法规和规章，特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定。
3.新法优先适用规则
同一机关制定的环保法律、行政法规、地方性法规和规章，新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定。
4.地方法规优先适用情形
环保地方性法规或者地方政府规章依据环保法律或者行政法规的授权，并根据本行政区域的实际情况作出的具体规定，与环保部门规章对同一事项规定不一致的，应当优先适用环保地方性法规或者地方政府规章。
5.部门规章优先适用情形
环保部门规章依据法律、行政法规的授权作出的实施性规定，或者环保部门规章对于尚未制定法律、行政法规而国务院授权的环保事项作出的具体规定，与环保地方性法规或者地方政府规章对同一事项规定不一致的，应当优先适用环保部门规章。
6.部门规章冲突情形下的适用规则
环保部门规章与国务院其他部门制定的规章之间，对同一事项的规定不一致的，应当优先适用根据专属职权制定的规章;两个以上部门联合制定的规章，优先于一个部门单独制定的规章;不能确定如何适用的，应当按程序报请国务院裁决。
(二)严格遵守处罚原则
环保部门在环境执法过程中，对具体环境违法行为决定是否给予行政处罚、确定处罚种类、裁定处罚幅度时，应当严格遵守以下原则：
7.过罚相当
环保部门行使环境行政处罚自由裁量权，应当遵循公正原则，必须以事实为依据，与环境违法行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
8.严格程序
环保部门实施环境行政处罚，应当遵循调查、取证、告知等法定程序，充分保障当事人的陈述权、申辩权和救济权。对符合法定听证条件的环境违法案件，应当依法组织听证，充分听取当事人意见，并集体讨论决定。
9.重在纠正
处罚不是目的，要特别注重及时制止和纠正环境违法行为。环保部门实施环境行政处罚，必须首先责令违法行为人立即改正或者限期改正。责令限期改正的，应当明确提出要求改正违法行为的具体内容和合理期限。对责令限期改正、限期治理、限产限排、停产整治、停产整顿、停业关闭的，要切实加强后督察，确保各项整改措施执行到位。
10.综合考虑
环保部门在行使行政处罚自由裁量权时，既不得考虑不相关因素，也不得排除相关因素，要综合、全面地考虑以下情节：
(1)环境违法行为的具体方法或者手段;
(2)环境违法行为危害的具体对象;
(3)环境违法行为造成的环境污染、生态破坏程度以及社会影响;
(4)改正环境违法行为的态度和所采取的改正措施及其效果;
(5)环境违法行为人是初犯还是再犯;
(6)环境违法行为人的主观过错程度。
11.量罚一致
环保部门应当针对常见环境违法行为，确定一批自由裁量权尺度把握适当的典型案例，作为行政处罚案件的参照标准，使同一地区、情节相当的同类案件，行政处罚的种类和幅度基本一致。
12.罚教结合
环保部门实施环境行政处罚，纠正环境违法行为，应当坚持处罚与教育相结合，教育公民、法人或者其他组织自觉遵守环保法律法规。
(三)合理把握裁量尺度
13.从重处罚
(1)主观恶意的，从重处罚
恶意环境违法行为，常见的有：“私设暗管”偷排的，用稀释手段“达标”排放的，非法排放有毒物质的，建设项目“未批先建”、“批小建大”、“未批即建成投产”以及“以大化小”骗取审批的，拒绝、阻挠现场检查的，为规避监管私自改变自动监测设备的采样方式、采样点的，涂改、伪造监测数据的，拒报、谎报排污申报登记事项的。
(2)后果严重的，从重处罚
环境违法行为造成饮用水中断的，严重危害人体健康的，群众反映强烈以及造成其他严重后果的，从重处罚。
(3)区域敏感的，从重处罚
环境违法行为对生活饮用水水源保护区、自然保护区、风景名胜区、居住功能区、基本农田保护区等环境敏感区造成重大不利影响的，从重处罚。
(4)屡罚屡犯的，从重处罚
环境违法行为人被处罚后12个月内再次实施环境违法行为的，从重处罚。
14.从轻处罚
主动改正或者及时中止环境违法行为的，主动消除或者减轻环境违法行为危害后果的，积极配合环保部门查处环境违法行为的，环境违法行为所致环境污染轻微、生态破坏程度较小或者尚未产生危害后果的，一般性超标或者超总量排污的，从轻处罚。
15.单位个人“双罚”制
企业事业单位实施环境违法行为的，除对该单位依法处罚外，环保部门还应当对直接责任人员，依法给予罚款等行政处罚;对其中由国家机关任命的人员，环保部门应当移送任免机关或者监察机关依法给予处分。
如《水污染防治法》第83条规定，企业事业单位造成水污染事故的，由环保部门对该单位处以罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员可以处上一年度从本单位取得的收入50%以下的罚款。
16.按日计罚
环境违法行为处于继续状态的，环保部门可以根据法律法规的规定，严格按照违法行为持续的时间或者拒不改正违法行为的时间，按日累加计算罚款额度。
如《重庆市环境保护条例》第111条规定，违法排污拒不改正的，环保部门可以按照规定的罚款额度，按日累加处罚。
17.从一重处罚
同一环境违法行为，同时违反具有包容关系的多个法条的，应当从一重处罚。
如在人口集中地区焚烧医疗废物的行为，既违反《大气污染防治法》第41条“禁止在人口集中区焚烧产生有毒有害烟尘和恶臭气体的物质”的规定，同时又违反《固体废物污染环境防治法》第17条“处置固体废物的单位，必须采取防治污染环境的措施”的规定。由于“焚烧”医疗垃圾属于“处置”危险废物的具体方式之一，因此，违反《大气污染防治法》第41条禁止在人口集中区焚烧医疗废物的行为，必然同时违反《固体废物污染环境防治法》第17条必须依法处置危险废物的规定。这两个相关法条之间存在包容关系。对于此类违法行为触犯的多个相关法条，环保部门应当选择其中处罚较重的一个法条，定性并量罚。
18.多个行为分别处罚
一个单位的多个环境违法行为，虽然彼此存在一定联系，但各自构成独立违法行为的，应当对每个违法行为同时、分别依法给予相应处罚。
如一个建设项目同时违反环评和“三同时”规定，属于两个虽有联系但完全独立的违法行为，应当对建设单位同时、分别、相应予以处罚。即应对其违反“三同时”的行为，依据相关单项环保法律“责令停止生产或者使用”并依法处以罚款，还应同时依据《环境影响评价法》第31条“责令限期补办手续”。需要说明的是，“限期补办手续”是指建设单位应当在限期内提交环评文件;环保部门则应严格依据产业政策、环境功能区划和总量控制指标等因素，作出是否批准的决定，不应受建设项目是否建成等因素的影响。
(四)综合运用惩戒手段
对严重污染环境的违法企业，环保部门应当按照有关规定，及时通报中国人民银行和银行业、证券业监管机构及商业银行，为信贷机构实施限贷、停贷措施和证监机构不予核准上市和再融资提供信息支持。
环保部门应当通过政府网站等方式，公布环境行政处罚的权限、种类、依据，并公开社会责任意识淡薄、环境公德缺失、环保守法记录不良、环境守法表现恶劣并受到处罚的企业名称和相关《处罚决定书》，充分发挥公众和社会舆论的监督作用。
对严重违反环保法律法规的企业，环保部门还可报告有关党委(组织、宣传部门)、人大、政府、政协等机关，通报工会、共青团、妇联等群众团体以及有关行业协会等，撤销违法企业及其责任人的有关荣誉称号。
对未依法办理环评审批、未通过“三同时”验收，擅自从事生产经营活动等违法行为，环保部门依法查处后，应当按照国务院《无照经营查处取缔办法》的规定，移送工商部门依法查处;对违反城乡规划、土地管理法律法规的建设项目，应当移送规划、土地管理部门依法限期拆除、恢复土地原状。
环保部门在查处环境违法行为过程中，发现有阻碍环保部门监督检查、违法排放或者倾倒危险物质等行为，涉嫌构成违反治安管理行为的，应当移送公安机关依照《治安管理处罚法》予以治安管理处罚。
如对向环境“排放、倾倒”毒害性、放射性物质或者传染病病原体等危险物质，涉嫌违反《治安管理处罚法》第30条，构成非法“处置”危险物质行为的，环保部门应当根据全国人大常委会法工委《对违法排污行为适用行政拘留处罚问题的意见》以及环境保护部《关于转发全国人大法工委〈对违法排污行为适用行政拘留处罚问题的意见〉的通知》的规定，及时移送公安机关予以拘留。
环保部门在查处环境违法行为过程中，发现违法行为人涉嫌重大环境污染事故等犯罪，依法应予追究刑事责任的，应当依照《刑事诉讼法》、《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》和《关于环境保护行政主管部门移送涉嫌环境犯罪案件的若干规定》，移送公安机关。
对环境污染引起的损害赔偿纠纷，当事人委托环境监测机构提供监测数据的，环境监测机构应当接受委托。当事人要求提供环境行政处罚、行政复议、行政诉讼和实施行政强制措施等执法情况的，环保部门应当依法提供相关环境信息。环境污染损害赔偿纠纷受害人向人民法院提起诉讼的，环保部门可以依法支持。环保部门可以根据环境污染损害赔偿纠纷当事人的请求，开展调解处理。
二、行使行政处罚自由裁量权需要考虑哪些因素?
第六条【规范自由裁量权】行使行政处罚自由裁量权必须符合立法目的，并综合考虑以下情节：
(一)违法行为所造成的环境污染、生态破坏程度及社会影响;
(二)当事人的过错程度;
(三)违法行为的具体方式或者手段;
(四)违法行为危害的具体对象;
(五)当事人是初犯还是再犯;
(六)当事人改正违法行为的态度和所采取的改正措施及效果。
同类违法行为的情节相同或者相似、社会危害程度相当的，行政处罚种类和幅度应当相当。
保障环境保护主管部门在发现某公民、单位实施了环境污染行为、且该行为依法需要受到处罚的时候，需要作出适当的处罚决定。在作出决定的时候，可以适用自由裁量原则，行使行政处罚自由裁量权必须符合立法目的，且需要考虑行政相对人的过错程度等的因素。
延伸阅读：
行政处罚自由裁量权的基本原则是什么
什么是环境污染责任
环境污染侵权如何承担责任
