《环境保护行政处罚办法》已于2010年3月1日废止，由新的《环境行政处罚办法》正式代替。
根据《环境行政处罚办法》规定：
第十七条【案件管辖】县级以上环境保护主管部门管辖本行政区域的环境行政处罚案件。
造成跨行政区域污染的行政处罚案件，由污染行为发生地环境保护主管部门管辖。
第十八条【优先管辖】两个以上环境保护主管部门都有管辖权的环境行政处罚案件，由最先发现或者最先接到举报的环境保护主管部门管辖。
第十九条【管辖争议解决】对行政处罚案件的管辖权发生争议时，争议双方应报请共同的上一级环境保护主管部门指定管辖。
第二十条【指定管辖】下级环境保护主管部门认为其管辖的案件重大、疑难或者实施处罚有困难的，可以报请上一级环境保护主管部门指定管辖。
上一级环境保护主管部门认为下级环境保护主管部门实施处罚确有困难或者不能独立行使处罚权的，经通知下级环境保护主管部门和当事人，可以对下级环境保护主管部门管辖的案件指定管辖。
上级环境保护主管部门可以将其管辖的案件交由有管辖权的下级环境保护主管部门实施行政处罚。
第二十一条【内部移送】不属于本机关管辖的案件，应当移送有管辖权的环境保护主管部门处理。
受移送的环境保护主管部门对管辖权有异议的，应当报请共同的上一级环境保护主管部门指定管辖，不得再自行移送。
综合上面所说的，行政处罚是由行政机关来进行办理，而对于所管辖的区域一般是本地发生由本地来进行办理；对地跨行的行政案件就可能行为地来进行管理，如果存在两个以上的主管部门都有权进行管辖的话，那么就可以由最先接到举报的进行管辖。
