1、立案。
立案应当填写专门形式的《立案报告表》，立案后应指派承办人员负责案件的调查工作。
2、调查取证。
根据《行政处罚法》的规定，环境行政主体在调查或者依法进行检查时，执法人员不得少于两人，并应向当事人或有关人员出示证件。环境执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。环境执法人员应全面、客观、公正地调查、收集有关证据，并可以采取抽样取证的方法;在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并在7日内及时作出处理决定。
3、审查调查结果。
调查终结后，案件承办人员应提出有关事实结论和处理结论的书面意见，由环境行政主体负责人审查批准。对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，环境行政部门的负责人应当集体讨论决定。在决定作出之前应依法向当事人履行告知义务，并听取当事人的陈述和申辩。
4、制作行政处罚决定书。对于决定给予行政处罚的，环境行政部门必须制作符合法律规定的《行政处罚决定书》，该决定书应载明下列事项：
①当事人的姓名或者名称、地址;
②违反法律、法规或者规章的事实和证据;
③行政处罚的种类和依据;
④行政处罚的履行方式和期限;
⑤不服行政处罚决定，申请行政复议或者提起行政诉讼的期限;
⑥作出行政处罚决定的环境保护监督管理部门的名称和作出决定的日期。最后，处罚决定书必须盖有作出处罚决定的行政机关的印章。
5、处罚决定书的送达。行政处罚决定书制作后，应当在宣告后当场交付当事人;当事人不在场的，环境执法部门应当在7日内依照民事诉讼法的有关规定，根据案件具体情况以直接送达、留置送达、转交送达、委托送达、邮寄送达或公告送达等方式送达当事人。
根据《环境行政处罚办法》等相关法律的规定环境行政处罚的程序包括处罚决定程序和处罚执行程序。其中决定程序又可分为简易程序、一般程序和听证程序。环境行政处罚的程序，是指环境行政主体对破坏或者污染环境的违法相对人实施行政处罚的步骤、过程和方式的总称。简易程序又称当场处罚程序，是指在具备法定条件的情况下，由环境行政执法人员当场作出行政处罚决定，并且当场执行的步骤、方式、时限、形式等的过程。
综合上面所说的，环境行政处罚一般是针对于违反了《环境保护法》的规定所要实施的行为，一般在处理时就需要按法律所规定的流程来办理，但对于处罚的结果就会结合具体的案件情况来办理，这样才能保障到所给出的结果合理、合法。
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