1、立案
环境管理股、监察大队、自然生态保护股、审批股等(以下简称职能部门)发现违法案件，应当场取证，在2日内填写立案呈批表，交法制股。
法制股在2日内初审并提出意见，报分管局长、局长。
分管局长、局长在3日内批准是否立案。
2、调查取证
职能部门派出调查人员(不少于2人)进行调查取证，应主动出示执法证件。
调查要制作笔录，询问应个别进行。
需要监测的，要制作监测结果报告，并由监测单位盖章和监测人员签名。
3、审议
经调查后确定不需作出行政处罚的案件，职能部门要填写《撤消立案审批表》交法制股，经分管局长签署意见后归档。
对需要作出行政处罚的案件，职能部门提出初步处罚意见，法制股对案件违法事实和适用法律进行审查，提出处理意见，报局长审批。
作出责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚决定的，由局领导班子讨论决定。
4、听取申辩与听证。在《行政处罚决定书》下达3日前，职能部门的调查人员制作《行政处罚事先告知书》告知当事人违法事实、处罚依据、拟作出的处罚，以及当事人享有的陈述、申辩权利，制作“申辩笔录”。
对责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚的，告知当事人有权要求听证，其申请须在被告知3日内提出。
听证按《行政处罚法》和《环境保护行政处罚办法》规定的程序进行。
听证主持人由法制股非本案调查人员担任，职能部门的调查人员参加。
5、签发
法制股根据审议、申辩与听证结果，责成监察大队制作《行政处罚决定书》，由局长签发。
6、送达
《行政处罚决定书》在作出决定之日起7日内，由监察大队送达当事人或其委托代理人。
送达具体方式有直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、公告送达。
受送达人拒收处罚决定书的，送达人应当记明拒收的事由和日期，将处罚决定书留置受送达人住所或收发部门，即视为送达。
7、执行
当事人逾期不申请复议，不提起诉讼，又不执行的，由职能部门告知法制股，经局长同意后由监察大队负责承办申请法院强制执行的具体事宜。
8、归档
案件终结，由执行处罚的监察大队及时写出结案报告。
案件办结后，办案人员应交协案过程中形成的材料立卷归档。
立卷归档的总原则是“谁办案、谁立卷”“一案一卷”。案件承办人员应当将办案过程中所形成的材料，按照材料齐全、排列有序、装订整齐、便于查阅的原则立卷归档。
案件归档后，任何单位和个人均不得私自增添或抽取案卷材料。
二、环境处罚和处分的不同是什么?
环境行政处分和环境行政处罚虽然都是环境行政主体所作的制裁行为，但两者从根本上说是不同的行政制裁方式，其区别主要表现为：
1、制裁的对象不同。环境行政处罚制裁的对象是违反环境行政法律规范的公民、法人或其他组织;环境行政处分的对象仅限于环境行政主体系统内部的公务员。
2、采取的形式不同。环境行政处罚的形式有：警告、罚款、责令停产停业、责令重新安装或使用、责令支付消除污染费用、责令赔偿国家损失等;行政处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职和开除六种形式。
3、行为的性质不同。环境行政处罚属于外部行政行为，以行政管辖关系为基础;环境行政处分属于内部行政行为，以行政隶属关系为前提。
4、所依据的法律、法规不同。环境行政处罚依据的是有关污染防治和自然资源保护方面的法律、法规，如《环境保护法》，《大气污染防治法》，《矿产资源法》等;环境行政处分则由有关行政机关工作人员或公务员的法律规范调整，如《国家公务员暂行条例》、《行政监察条例》等。
5、济途径不同。对环境行政处罚不服的，除法律、法规另有规定外，环境行政相对人可申请复议或提起行政诉讼;对于环境行政处分不服的，被处分的公务员只能向作出处分决定的机关的上一级机关或监察部门申诉。
单位、公民可能是实施严重污染环境的行为，此类行为违反了《环境行政处罚办法》等法律规范的规定，相关行政部门在发现此类违法行为存在之后，需要按照既定的流程，作出相应的行政处罚。
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