杭州施工合同备案程序的步骤包括以下几项：1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。法律对于施工合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。
建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。
(1)、勘察合同原件3份;
(1)、设计合同原件3份;
(1)、招标代理合同原件3份;
(1)、造价咨询合同原件3份;
(3)、标底文件原件一份(标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。);
(1)、施工合同6份原件;
(3)、中标通知书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
(4)、招标文件原件1份;
(5)、类别确认书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
三、工程合同纠纷怎么办
1、当事人应本着“互谅、互让”的精神，自愿协商解决。这种解决纠纷的方式，无须任何第三人介入，既有利于及时解决纠纷又有利于双方当事人的团结，有利于维护企业间长期建立起来的协作关系。因此，纠纷发生后，当事人应把“协商”作为解决纠纷的首选途径。
2、第三人居中调解。合同发生纠纷，当事人可以请协议条款约定的单位或人员居中进行调解。这种调解不同于仲裁程序和诉讼程序中以调解方式结案的调解。
3、向仲裁委员会申请仲裁。合同的双方当事人如果不愿意协商、调解或协商、调解不成的，可以仲裁或诉讼。
4、向人民法院起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又没有仲裁条款，事后又没有达成仲裁协议的，则可以向人民法院起诉。我国《民事诉讼法》规定，工程承包合同由工程所在地人民法院管辖。人民法院收到起诉状，经审查，认为符合起诉条件的，依法组成合议庭进行审理。仲裁和诉讼这两种途径，当事人只能选择其一。
综上所述，施工合同应在与招标方签订协议后的一周内去备案机构进行备案，并且还需要准备招标文件、中标通知书、施工合同等相关资料，一般情况都需要先在网上申请，之后再到线下机构办理。如果在合约关系存在期间发生纠纷，可以选择协商、调解、仲裁、起诉中的任意一种方式。
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