1、合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2、违约金的计算依据是合同总价。
3、约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
《民法典》第五百八十五条：”当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。“
二、工程合同逾期付款违约金的计算标准
1、《关于逾期付款违约金应当依据何种标准计算问题的批复》中规定，“逾期付款违约金应当依照付款金额每日万分之五计算。”最高人民法院的司法解释将此比例调整到每日万分之二点一，有所变化，即“逾期贷款(借款人未按合同约定日期还款的借款)罚息利率由现行按日万分之二点一计收利息，改为在借款合同载明的贷款利率水平上加收30%-50%”。
2、有关违约金的法律规定
在人民法院审判当事人没有约定的违约金计算方法的问题中，就违约金的标准，违约金的标准也从每天万分之三，年利率为10.95%;变为1每天万分之五，年利率为18.25%;又变为每天万分之四，年利率为14.6%;最后变为以后的“参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期付款违约金”，每天万分之二点一，年利率为7.665%.
通过上述内容可以看出，工程合同逾期付款违约金计算标准如果合同本身有约定就按合同的约定执行，合同中没有约定的，在发生争议后也可以协商解决，如果既没有约定又不能协商一致的可以参照银行同期贷款利率的标准进行计算。
违约金的处理也是有原则的，主要就是如果合同里面有规定违约的责任，那么就按照合同里面的来进行违约金的赔偿;如果说合同里面没有规定的话，那么违约金的赔偿则根据实际损失来进行计算。
延伸阅读：
借条违约金怎么写才合理
货物延期交货违约金是多少
