1、网上申报。首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。
建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。
(1)、勘察合同原件3份;
(1)、设计合同原件3份;
(1)、招标代理合同原件3份;
(1)、造价咨询合同原件3份;
(3)、标底文件原件一份(标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。);
(1)、施工合同6份原件;
(3)、中标通知书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
(4)、招标文件原件1份;
(5)、类别确认书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
三、建筑合同的特征
符合法律规定的合同，具有以下法律特征：
1、合同由双方当事人的法律行为而引起的。
2、合同因双方当事人的意思表示一致而成立。
3、合同的债权债务必须相互对立。
4、合同的缔结有当事的自由意志支配。
建设工程合同作为承揽合同的特殊类型，除具有承揽合同的一般法律属性外，还具有以下特点：
1、建设合同中完成的工作构成不动产，通常要涉及对土地利用的强制性规范的限制，当事人不得违反规定自行约定，而且施工的承包人必须是经国家认可的具有一定建设投资的法人。
对于施工合同的签订，是需要由双方协商进行认定的，在签订后一般是需要到建设主管部门来进行备案处理的，对于达到了严重的违法事实的，还需要追究有关人员的法律责任，具体情况下可以根据实际来进行合法的认定。
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