订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。
(1)、勘察合同原件3份;
(1)、设计合同原件3份;
(1)、招标代理合同原件3份;
(1)、造价咨询合同原件3份;
(3)、标底文件原件一份(标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。);
(1)、施工合同6份原件;
(3)、中标通知书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
(4)、招标文件原件1份;
(5)、类别确认书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
综上所述，工程施工合同备案程序需要经历网上申报，办理备案手续，正式签发合同备案表等流程，并需要准备好相应的有关材料。按照建设工程合同的类别不同需要提供不同的材料，要根据实际情况来分析。且建设工程的诉讼时效起算主要分为两个时间点，这里面又根据情况的不同，实际的起算点有不一样。
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