施工合同跟备案合同是一样的;根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十六条规定：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
这两份合同俗称“阴阳合同”。经过备案的合同往往在许多方面对施工方有利。如果有发生纠纷，特别是工程款纠纷时，施工方往往主张应当以经过中标备案的合同为依据。理由是依据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。 实际上，《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条所规定的以备案合同为依据并非绝对。从司法实践当中来看，如果建设方和施工方签订的两份合同版本不同，那么应当以备案的为准;反之，如果双方签订的两份合同版本相同，那么应当根据实际情况确定，如果私下签订的《建设工程施工合同》体现双方的真实意思，例如，变更了备案的《建设工程施工合同》，那么就应当以私下签订的《建设工程施工合同》为准，而不依据备案的《建设工程施工合同》。
这种情况下，由于科技公司是私营企业，本案亦非公共工程纠纷，因此，应按照双方当事人意思自治原则，以实际履行的施工合同计算工程价款。
综上所述，在招标成功后，签订合同成功后，那么施工合同和备案合同就应该是相同的，只要合同备案成功了之后，那么在系统里就会出现合同的信息，从而保障到各自的合法权益。若有不同，应按照双方自治原则，以实际为准。
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