施工合同备案是由建设单位办理的。施工许可证由建设单位办理，但是办理施工许可证之前有许多手续要办。施工承包中标通知书和承包合同备案，监理中标通知书和监理合同备案，然后是质监、安监，最后是施工许可证。建设单位办理，施工单位和监理单位配合的。
1、备案是一种义务：根据《房屋建筑和市政设施工程招标投标管理办法》规定，招标人和中标人订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送达工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
依法属于必须招投标的项目，在招投标程序结束后，双方应在中标通知书发出之日起30日内签订中标合同，中标人应当将该中标合同送至有关部门进行备案，然而发包人直接发包和议标的项目，则要结合项目所在地人民政府发布的相关规定加以分析。 不同的省市对施工合同备案的项目范围及相关内容都有不同的地方性规定。
2、备案是一种行政管理手段：备案是一种行政管理手段，虽然在关于施工合同纠纷案件适用法律问题的解释中表示“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。 ”，但是这里也许会对大家产生误导，这句话中所说的结算工程价款的根据依然是经过合法招投标程序后签订的“中标合同”而不是进过备案的“备案合同”，所以说合同备案对招投标及合同的效力一般不会有直接影响。
为加强对建筑工程施工合同的监督管理，维护建筑市场秩序，保护建筑工程施工合同当事人的合法权益，防止利用合同危害国家利益、社会公共利益的违法行为。
四、备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
综上所述，施工合同备案是由建设单位办理的。施工合同即建筑安装工程承包合同，是发包人和承包人为完成商定的建筑安装工程，明确相互权利、义务关系的合同，建设工程施工合同实行备案制度。
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