1、合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2、违约金的计算依据是合同总价。
3、约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
《民法典》第五百八十五条：”当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。“
1、相关规定，“逾期付款违约金应当依照付款金额每日万分之五计算。”最高人民法院的司法解释将此比例调整到每日万分之二点一，2004又有所变化，即“逾期贷款(借款人未按合同约定日期还款的借款)罚息利率由现行按日万分之二点一计收利息，改为在借款合同载明的贷款利率水平上加收30%-50%”。
2、有关违约金的法律规定
在人民法院审判当事人没有约定的违约金计算方法的问题中，就违约金的标准，最高人民法院先后“关于修改《最高人民法院关于逾期付款违约金应当按照何种标准计算问题的批复》的批复”四个司法解释，违约金的标准也从的每天万分之三，年利率为10.95%;变为每天万分之五，年利率为18.25%;又变为每天万分之四，年利率为14.6%;最后变为以后的“参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期付款违约金”，每天万分之二点一，年利率为7.665%.
“法函10号”参考了中国人民银行的银发97号通知下发的《违反银行结算制度处罚规定》，法复7号参考了中国人民银行银发256号的《异地托收承付结算办法》和《异地托收承付结算会计核算手续》;“关于修改《最高人民法院关于逾期付款违约金应当按照何种标准计算问题的批复》的批复”均参照了中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准的有关文件。而施行的最高人民法院法释34号文件也明确规定了，对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民法院可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的计算标准计算逾期付款违约金。中国人民银行调整金融机构计收逾期贷款利息的标准时，人民法院可以相应调整计算逾期付款违约金的计算标准。
通过上述内容我们可以看出，工程合同逾期付款违约金计算标准如果合同本身有约定就按合同的约定执行，合同中没有约定的，在发生争议后也可以协商解决，如果既没有约定又不能协商一致的可以参照银行同期贷款利率的标准进行计算。
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