施工合同备案的手续首先是向专门的部门申请（也可以在网上进行申报的）；通过审核之后就带上相应的材料到政务中心的建委窗口进行现场办理；最后在合同上加盖专用章就完成了。
法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
（一）网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
（二）办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
（三）正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》从建设工程施工合同性质出发，对建设工程施工合同纠纷案件的管辖作出了规定：第二十四条：建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地。
建设工程施工合同应当适用特殊地域管辖，即《民事诉讼法》第23条规定的“因合同纠纷提起诉讼，由被告所在地或者合同履行地人民法院管辖”。
又因建设工程施工合同属于特殊的承揽合同，承揽合同的合同履行为“加工行为地”，所以进一步规定了建设工程施工合同的合同履行地为“施工行为地”。
施工合同纠纷管辖的人民法院包括了施工所在地的人民法院和被告所在地的人民法院，也就是说当发生合同纠纷的时候只能够向这两个人民法院申请诉讼的。
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