建设施工合同是由建设行政主管部门进行备案的。《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”
签订建设工程施工合同，必须以建设计划和具体建设设计文件已获得国家有关部门批准为前提。签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提，这是由于建设工程施工合同的标的物为建筑产品，需要占用土地，耗费大量的资源，属于国民经济建设的重要组成部分。凡是没有经过计划部门规划部门的批准，不能进行工程设计，建设行政主管部门不予办理报建手续及施工许可证，更不能组织施工。在施工过程中，如需变更原计划项目功能的，必须报经有关部门审核同意。
建设部第89号令，即《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案;《辽宁省建筑市场管理条例》、《辽宁省建设工程招标投标条例》及《大连市建筑市场管理条例》都对施工合同备案做了法律规定。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定，对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。
这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。
设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。
因此自合同中标时即成立并生效，双方均享有合同权利，应依法履行合同义务。如发包公司违反合同约定将工程擅自再发包给其他建筑公司，属违约行为，应依法承担相关违约责任。
施工合同是否备案并不影响合同的法律效力，合同备案也不是效力性的强制规定。但是就合同标的发生纠纷时，不能按照此合同的条款解决问题。备案合同中的标的是承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。
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