一、 施工合同备案法律风险是什么?
1. 主体不适格
(1)违法转包、分包
非法转包，是指总承包人将其承包的全部建设工程转包给第三人，或将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给第三人的行为。违法分包，是指承包人将建设工程主体结构的施工分包给第三人，或者总承包人将建设工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者分包单位将其承包的工程再分包的行为。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第4条，承包人非法转包、违法分包建设工程的行为无效。
(2)挂靠
挂靠行为，是指不具有从事建筑活动主体资格的个人、合伙组织或企业以具备从事建筑活动资格的建筑企业的名义承揽工程;资质等级低的建筑企业以资质等级高的建筑企业的名义承揽工程，但如其本身具备施工能力,工程已施工完毕且经验收合格的，一般不宜认定合同无效;不具有工程总包资格的建筑企业以具有总包资格的建筑企业的名义承揽工程。有上述情形之一，并以被挂靠企业名义签订的建设工程合同无效。
(3)内部承包
建筑施工人多是采用项目经理部形式对建设项目进行经营管理。项目经理部实行内部承包经营负责制。内部承包，作为建筑施工企业的一种经营管理模式，与挂靠、转分包有着相似之处，司法实践中对其效力仍有争议。一般认为，具备法人资格的承包人的内部分支机构，具备一定的技术能力，对外具备一定的责任承揽能力，且在其营业执照的范围内对外签订的建设工程合同，应视为承包人对其行为已授权,其签订的合同有效。
(4)无权代理、越权代理
项目经理是目前建设施工管理混乱、纠纷频繁的原因之一。司法实践中，多次出现由于对项目经理授权不明，或项目部公章管理混乱，导致项目经理采用财务专用章而非合同专用章签订合同、项目经理持印有公章的空白合同书签订合同。这些再加上转分包、再转分包等因素，往往引发法律关系的重叠交叉，导致案件事实扑朔迷离。对这些问题，司法实践中，历来认识不完全一致，此时与彼时认识也不一致。
2. 合同条款不完善
有些发包人为了回避自己的风险，在签订合同时，不采用标准的合同文本，而是通过自拟言辞模糊的合同，转嫁工程风险。
3. 阴阳合同
所谓阴阳合同，又称黑白合同，是指当事人就同一标的签订两份或两份以上实质性内容相异的合同，阳合同送交政府部门备案，阴合同为当事人双方实质履行的合同。这一情况在建设工程领域尤为突出。由于招投标的存在，有时合同双方会签订阳合同供建设行政主管部门审查备案，而私下却签订一份背离阳合同实质性内容的阴合同，这一份合同虽然是双方意思合致的表现，却因为违反法律的禁止性规定而无效。所谓“实质性内容”，主要指工程价款、工程质量、工程期限等。
二、施工合同的备案办理程序
备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
对于施工合同备案的具体情况，是需要严格基于上述法律中规定的不同情况来进行认定的，特别是对于备案的具体程序和要求也是基于实际的合同条款内容来进行认定的，如果对相关事项的处理不清楚的，可以咨询律师来进行界定。
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