施工备案的合同是可以依法修改的，依据国务院办公厅有关通知要求，目前我国已经取消了施工合同备案的事项，施工合同不需要备案，而建设施工合同在双方协商的情况下，可以依法修改。还没有开始备案施工合同的，可以不用去备案了，并且现在质量监督手续和施工许可证合并办理。
住建部下发《关于修改有关文件的通知》。其中，在修改《建筑工程方案设计招标投标管理办法》删除第十八条中“招标人和招标代理机构应将加盖单位公章的招标公告或投标邀请函及招标文件，报项目所在地建设主管部门备案”，意味着工程方案设计招标备案正式取消。
在修改《住房城乡建设部关于进一步加强建筑市场监管工作的意见》删除“(八)推行合同备案制度。合同双方要按照有关规定，将合同报项目所在地建设主管部门备案。工程项目的规模标准、使用功能、结构形式、基础处理等方面发生重大变更的，合同双方要及时签订变更协议并报送原备案机关备案。在解决合同争议时，应当以备案合同为依据”，意味着正式取消建设工程合同备案。
(一)受理环节
1.网上申报。建设单位备齐申请材料，登录珠海市工程建设项目审批管理系统，选择要办理的事项，根据网页提示填写申请表，上传申请材料，点击提交，完成网上申办。
2.项目受理。综合服务窗口通过工程建设项目审批管理系统进行统一网上审查、受理，符合办理条件的，予以受理;不符合条件的，不予受理，窗口发起材料补全并附上补全意见，发起材料补全后系统发送短信通知建设单位网上补全申报材料。审批时间可以自材料补正齐全后作相应顺延。
3.项目流转。综合服务窗口受理项目后，应当在受理后0.5个工作日内通过珠海市工程建设项目审批管理系统，将项目(含申请材料)转送市建设行政主管部门。
(二)审批环节
市建设行政主管部门在收到项目后应依法分别对受理的申请材料进行审查，按照法律、法规和文件要求办理，不符合条件的，退回办件，发起材料补正并附上补正意见，发起材料补正后系统发送短信提醒建设单位，建设单位在网上办事大厅可查看补正详情，并补充上传提交修改后的电子材料。
符合条件的，制作《建筑工程施工许可证》，于3个工作日内完成建筑工程施工许可核发，在珠海市工程建设项目审批管理系统联合电子证照库生成施工许可电子证，并将办理结果文书或证件转交至受理本项目的政务服务大厅综合服务窗口，同时将办理结果推送至工程质量安全监督机构。
施工合同不需要再去备案，我国住建部就此发布了删除施工合同备案相关条款的通知，因此正式取消了施工合同备案的手续。为简化手续，质量监督手续和施工许可证合并办理，建筑单位准备好相关材料可以在网上申报，然后等待审查，不符合条件的，可以补充材料。
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