网上备案施工合同可以修改，变更后需要重新进行备案处理,根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定:“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。
施工合同备案是可以修改的，依据相关法律的规定，进行建设工程施工时要签订施工合同的，施工合同签订后要进行备案，备案的机关是县级以上地方人民政府建设行政主管部门。此外，依据国务院办公厅有关通知要求，目前我国已经取消了施工合同备案的事项，施工合同不需要备案，而建设施工合同在双方协商的情况下，可以依法修改。
备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建筑工程的发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务。订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
网上施工合同备案之后进行修改，需要取得合同双方当事人的同意。建设施工合同备案的流程包括三个方面，分别是网上申报，办理备案手续，正式签发合同备案表。网上申报是指承包人登录官网，进入建设施工合同管理系统，根据合同的性质，内容，填写相关信息打印合同备案表。
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