工程承包合同纠纷违约金可以按照双方当事人协商一致的内容来进行计算，如果合同有约定的，按合同约定支付违约金，合同没有约定的，按实际损失进行赔偿。当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十四条 【损害赔偿范围】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
二、建筑工程逾期怎么处理
承包方应按合同规定的时间如期完工和交付，由于承包方的原因造成工程逾期交付的，承包方应承担相应的违约责任。违约责任包括支付违约金、支付利息以及违约给以包方造成的损失等等。
建设工程承包人在合同履行过程中，应承担以下责任
1、按照合同约定的日期准时进入施工现场，按期开工。
承包人按照合同约定的日期准时进入施工现场，按期开工是确保按时竣工的第一步。承包人应在进入施工现场前做好开工的一切前期工作，如施工方案、原材料、设备的采购、管理、使用、场地的平整、施工必备的水、电、道路的畅通等。
2、受发包人的监督。发包人在不妨碍承包人正常作业的情况下，可以随时对作业进度、质量进行检查。
3、保建设工程质量达到合同约定的标准。因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应承担违约责任。因承包人的原因致使建设工程在合理使用期内造成人身和财产损害的，承包人应当承担损害赔偿责任。
4、包人经检验验收未按期付款，承包人可以催告，经催告仍不付款的，凡可折价、拍卖的工程，承包人可以诉请人民法院解决，确保自身利益不受损失。
现实生活当中因为没有履行合同当中的义务导致对方受到一定的损失，那么在这种状况之下的话是属于一种侵权的行为，同时也是属于一种违约的行为，所以是需要对于对方的损失进行一定的赔偿的，至于具体赔偿多少的话，可以按照双方当事人约定的违约金条款计算。
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