工程项目管理结构不合法是可以诉讼的。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第49条“公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人”的规定，能够成为诉讼当事人的只有公民、法人和其他组织三类情况，其中项目部不属于公民、法人。项目部不属于《民事诉讼法》中所讲的其他组织，也不属于领有营业执照的分支机构。所以可以认定项目部没有诉讼主体资格，无论起诉还是应诉均应以所属法人为原、被告，由所属企业办理相关委托授权手续。
在确认项目部诉讼主体地位的同时，施工企业还应注意以下若干法律问题：
1、诉讼管辖。根据《民事诉讼法》的有关规定和司法解释，除当事人对法院管辖有约定外，项目工程纠纷的管辖法院为被告住所地和工程所在地法院。选择有利于自己的法院管辖，对于原告来讲可以达到天时、地利、人和的效果。对于被告来讲是被动应诉，无法对管辖法院先行选择。如果原告起诉的法院不是约定的或法定的管辖法院，被告应在法定15天的答辩期内提出管辖权异议。
2、诉讼时效。可以纵而述之，施工企业的债权应在两年之内主张，如果过了诉讼时效再起诉，债权将无法实现，除非债务人自愿履行;施工企业的债务，如果债权人两年之内没有主张，施工企业对于过了诉讼时效的债务可以不履行，除非施工企业自愿履行。而如果一项债务虽然过了诉讼时效，但债务人在债权人发来的催款通知上签字或盖章，或者在债权人要求核对有关债权数字的询证函上签字或盖章，根据最高人民法院的司法解释均视为对原债务的重新确认，过了时效的债权债务应重新得到法律保护。
对于提前放弃诉讼时效的行为，例如提前开出几张空白信给债权人留作时效之用，最高人民法院批复认为这些行为是无效的。时效制度属于强制性规定，不允许当事人依自由意志排出时效的适用或改变时效期间，提前抛弃时效的行为无效。因此，过了时效的债权，不因债务人提前放弃时效权利而得到法律的保护。
当事人在提交起诉申请书的时候，必须保证起诉内容的真实性和提供材料的合法性，不能为了收集证据而采取不正当的行为，那么这样可能会给自己带来麻烦，也会对自己在开庭时候起诉他人形成不利因素。
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