1、承包商提出付款申请
工程费用支付的一般程序是首先由承包商提出付款申请，填报一系列工程师指定格式的月报表，说明承包商认为这个月他应得的有关款项。
2、工程师审核，编制期中付款证书
工程师对承包商提交的付款申请进行全面审核，修正或删除不合理的部分;计算付款净金额。计算付款净金额时，应扣除该月应扣除的保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。若净金额小于合同规定的临时支付的最小限额，则工程师不需开具任何付款证书。
3、业主支付
业主收到工程师签发的付款证书后，按合同规定的时间支付给承包商。实践证明，通过对施工过程的各个工序设置一系列签认程序，未经工程师签认的财务报表无效，这样做，充分发挥了经济杠杆的作用，控制了项目实施过程中的费用支出。
需要准备的材料
1、竣工蓝图;
2、图纸会审;
3、施工组织设计或者施工方案;
4、施工合同和合同的补充协议;
5、图纸设计变更;
6、合同约定的结算定额和计价文件;
7、施工期间的合同外项目签证，材料认价;
8、施工期间的政府政策性调价文件;
9、施工期间的政府主管部门发布的材料信息价资料;
10、施工中的有关会议记录;
11、业主或监理发送的通知;
12、监理认可的技术核定单;
13、施工期间政府部门下发的相关通知;
14、工程施工中洽谈记录;
15、工程所在地的地方强制性技术标准;
16、安全文明施工现场考评评定表。
1、按月结算：实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
2、竣工后一次结算：建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。
3、分段结算：即当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。
4、目标结算方式：即在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。也就是说，将合同中的工程内容分解成不同的验收单元，当施工单位完成单元工程内容并经业主经验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。在目标结算方式下，施工单位要想获得工程价款，必须按照合同约定的质量标准完成界面内的工程内容，要想尽早获得工程价款，施工单位必须充分发挥自己的组织实施能力，在保证质量的前提下，加快施工进度。
三、工程款支付应注意的问题有哪些
1、在使用将工程款直接打到承包方指定的账户时，在每次打款时应该留有票据，在留有票据的情况下，一但出现问题可以根据票据取证。
2、在使用将工程款直接打给个人的请况时，应注意与这个指定的人履行委托授权手续，此手续应咨询有关人员，需要履行规范的手续。许多问题的发生是因为在签署委托授权手续时不够规范，让一些心存不轨的委托人钻了法律的空子，从而让他们逍遥法外。在这里需要向指定的人员开据规范的收款凭据，并且收款日期、收款金额与实际中的要相符。
3、使用第三方方式支付时，需要签订规范的书面协议，每次打款需要有完备的凭据，还需要在行政机关或者司法机关的组织协调下进行，以免被第三方恶意诈骗而造成无法估量的损失。
4、一些房地产企业在不能够支付资金的情况下会选择使用房屋抵债，只是在使用此方式时，并不是单纯的交换模式，是需要开发商与购房人签订一些合同并开具一些有效的发票的，只是由于价格上的不能妥协和房屋在开盘后的不定因素容易造成纠纷。
