拒不执行判决、裁定罪侦查由公安机关承担，公安机关可以通过调查、讯问证有、嫌疑人，勘验等的手段进行侦查。对于经人民法院主持达成的调解协议书生效后，能否成为拒不执行判决、裁定罪的对象，按照我国民事诉讼法的规定，这种调解书送达当事人后，即具有与生效判决、裁定同等的效力，由人民法院负责执行。因而从立法精神和司法实践需要上来考虑，这种生效调解书也能成为拒不执行判决、裁定罪的对象，拒不执行刑事自诉案件、民事案件、经济案件等诉讼中由法院主持达成并已生效的调解书的，也可以以拒不执行判决、裁定罪论处。
二、《公安机关办理刑事案件程序规定》
第一百八十七条公安机关对已经立案的刑事案件，应当及时进行侦查，全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。
第一百八十八条公安机关经过侦查，对有证据证明有犯罪事实的案件，应当进行预审，对收集、调取的证据材料的真实性、合法性及证明力予以审查、核实。
第一百八十九条公安机关侦查犯罪，应当严格依照法律规定的条件和程序采取强制措施和侦查措施，严禁在没有证据的情况下，仅凭怀疑就对犯罪嫌疑人采取强制措施和侦查措施。
第一百九十条公安机关侦查犯罪，涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的，应当保密。
第一百九十一条当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人对于公安机关及其侦查人员有下列行为之一的，有权向该机关申诉或者控告：
(一)采取强制措施法定期限届满，不予以释放、解除或者变更的;
(二)应当退还取保候审保证金不退还的;
(三)对与案件无关的财物采取查封、扣押、冻结措施的;
(四)应当解除查封、扣押、冻结不解除的;
(五)贪污、挪用、私分、调换、违反规定使用查封、扣押、冻结的财物的。
受理申诉或者控告的公安机关应当及时进行调查核实，并在收到申诉、控告之日起三十日以内作出处理决定，书面回复申诉人、控告人。发现公安机关及其侦查人员有上述行为之一的，应当立即纠正。
拒不执行判决裁定罪的调查认定和处理，应当根据实际的犯罪事实来进行处理，一般是需要区分民事责任和刑事责任来进行认定的，对于犯罪事实轻微的，是可以不追究刑事责任的，可以按照行政治安处罚的相关规定来进行办理。
