1、明确启动重新起诉程序的条件。存疑不起诉案件重新起诉，必须以经过后续侦查查清案件事实，获取了确实、充分的证据为前提。检察机关是依职权对犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，一定期间内公安机关有移送新的事实和证据、请求再起诉的权利(检察机关、当事人发现新的事实和证据，都应把相关材料转公安机关处理)。如果公安机关在后续侦查中，发现新的证据，认为可以重新起诉的，应当将新获取的证据移送至人民检察院并书面建议重新起诉。检察机关对发现新证据的案件，应该指派原案件承办人或重新指定人员调取案卷，结合全案进行审查，必要时还可以自行补充侦查，经初步审查认为证据确实充分、符合起诉条件的，报经主管检察长、检察长批准或经检察委员会研究决定受理案件，启动重新审查起诉程序。
2、撤销原存疑不起诉决定书。实践中，公诉程序的重新启动，并不意味着原不起诉效力的自然终止，应当经过法定程序对原不起诉决定书予以撤销，以表明其效力终止。检察机关在重新审查案件后，认为新的证据达到确实充分、符合起诉条件时，应制作书面审查报告，提请检察委员会研究，经研究认为案件现有证据确实符合提起公诉条件的，应当同时决定撤销原存疑不起诉决定;如果认为仍不符合起诉条件的，则应作出维持原存疑不起诉的决定。
3、明确重新起诉案件不得撤回起诉。对发现新的证据，符合起诉条件，由检察机关重新提起公诉的案件，应规定起诉后，在庭审过程中，即使发现案件证据不足也不得撤回起诉，必须经人民法院开庭审理。对案件事实清楚，证据确实充分的，作出被告人有罪的判决;对于经补充侦查仍事实不清、证据不足的，应由法院作出被告人无罪的判决。
二、民事诉讼程序有哪些?
一审程序:
2、法院经审查受理后将起诉书副本送达被告;
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理;
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告;
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录;
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见;
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
二审程序：
1、当事人不服基层人民法院第一审判决的，有权在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。当事人不服地方人民法院第一审裁定的，有权在裁定书送达之日起十日内向上一级人民法院提起上诉。上诉状应当通过原审人民法院提出，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本。当事人直接向第二审人民法院上诉的，第二审人民法院应当在五日内将上诉状移交原审人民法院;
2、法院受理;
3、审理程序大体与一审一样，不同处主要在审查范围和内容方面。
对于一些案件，如果因事实不清，证据不足，作出不起诉决定后，检察机关应该加强说理工作，一旦发现新的证据符合起诉条件，应该重新提起诉讼。对于存疑不起诉后重新起诉的程序，我们应该从重新起诉程序的条件、撤销原存疑不起诉的决定书以及明确重新起诉案件不得撤回等方面进行规范。
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