1、制度性质不同
第三人撤销之诉：是“补审”不是“再审”，对应当审理而未审理的诉的一部分进行的补充审理(基于该制度当事人是诉讼第三人提出)。
只有第三人能够提出足以影响本诉裁判的证据或事实时，方能启动第三人撤销之诉程序;只有本诉裁判与第三人有实质上的利害关系时，第三人才能成为撤销之诉的适格当事人。
2、第三人撤销之诉：是本诉之外的“参加之诉”。案外人再审制度是本诉之外的“再审制度”。
第三人撤销之诉的法律规定：民诉法原有的关于独立请求权第三人、无独立请求权第三人的两个款项之下直接增加一款，规定“前两款规定的第三人，因不能归责与本人的事由未参加诉讼。的，可以提起第三人撤销之诉”。
可见，第三人撤销之诉，限于本可参加到原诉讼中的适格第三人，不包括原诉讼中遗漏的必要诉讼当事人。
案外人再审申请之诉，是遗漏的共同诉讼当事人，因生效判决对其产生的法律利害关系，可以申请法院裁定再审。法院认定该申请人为共同诉讼当事人的，可以启动再审程序，并根据不同情况将其直接追加为当事人或者发回冲上。
如果案外人在原案件执行过程中发现已生效的判决、裁定、调解书有错误，对自己的合法权益造成损害的，可以优先适用案外人申请再审制度，因为在执行阶段，中止执行是保障案外人的合法权益能够得到救济最有力的措施。而第三人撤销之诉是一个新诉，若案外人提起撤销之诉，在该诉审查、审理过程中不能停止原诉判决的执行，在这种情况下若原诉已执行完毕，则会加大案外人权利救济的难度。
如果案外人在原审判决、裁定、调解书进入执行阶段之前就发现已生效的裁判损害了自己的合法权益的，可以优先适用第三人撤销制度。因为在这种情况下，原案件生效裁判并未进入执行程序，第三人只需通过新诉请求法院作出新的裁判，撤销对其造成不利影响的元裁判即可维护其合法权益，无需通过再审申请，启动再审程序。
如果发现案件是原审当事人之间恶意合谋以损害第三人合法利益行为的情形，案外第三人由于不能归责于自己的事由未参加诉讼的，第三人直接提起撤销之诉即可。因为在这种情况下，原审案件根本就没有审理的必要，无需再通过申请启动再审程序进行审理，只需要直接撤销即可。
在实践选择适用程序时，应当从案件本身的特点出发选择正确的适用程序。若出现两种制度竞合的情形，为避免司法资源的浪费，只能选择其一予以适用，不能同时适用两种程序。在选择适用时，应当在尊重当事人的程序选择权前提下，对其选择适用程序进行适当的引导，以期更快、更有效地解决纠纷。
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