二者形式一样，但是实质不一样。
新修改的《民事诉讼法》增加了对第三人权益救济的规定。从形式上看，第三人撤销之诉是全新的独立诉讼制度，但就其内容看，以生效裁判错误作为实体条件，与再审的条件一致;从实质上看，第三人撤销之诉是与再审并列的纠错程序。新修改的《民事诉讼法》将第三人撤销之诉规定在第56条，而没有规定在审判监督程序部分，也没有对原《民事诉讼法》第204条进行修改，是基于保护案外第三人权益的目的，且均为了撤销已经生效的判决、裁定、调解书，故第三人撤销之诉与案外人申请再审这两种程序为并存关系。
二、在审判实践中如何处理两者的关系?
在现有的规定下，案外第三人同时享有两种程序权利来保护自己的权益，但不能同时适用，两者之间只能选择其一。关于两种程序具体如何协调，有待于最高人民法院在司法解释中予以明确。第三人撤销之诉的审理程序，应当属于一般民事诉讼与再审程序相结合的特殊程序，在最高人民法院司法解释未出台之前，可以参照当事人申请再审案件的有关程序性规定进行审理。
为避免对法律关系造成长期的不稳定，维持裁判的公信力，法律对第三人提起撤销诉讼做了必要的限制。法律规定，案外人可以自知道或者应当知道其民事权益受到生效裁判侵害之日起六个月内提出。这里的“六个月”应理解为除斥期间。
当前，诉讼实践中存在大量虚假诉讼，当事人恶意串通骗取法院生效裁判文书损害案外第三人的合法权益。纵观民事诉讼的全过程，在诉讼进行中有第三人的制度，在执行中有第三人执行异议的制度，但对于裁判生效后至执行前这一阶段缺少对第三人的救济机制。另外，在我国再审程序启动十分困难，其正当性也备受争议，第三人很难通过再审维护自己的合法权益。虚假诉讼的频频发生和当前制度的救济无力使得第三人撤销之诉的设置成为必然。
所以第三人撤销之诉和申请再审，本质上都是要求法院再进行重新的审理一遍，但是第三人撤销之诉是因为在已有案件作出了裁决的基础上，这个案件的裁决对当事人的利益是有所不良影响的，所以当事人发起这个撤销之诉来维护自己的合法权益，但是申请再审是在原来案件可能还没有定夺的基础上又找到了新的证据，所以需要再次审理。
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