1、征收的目的不同
国有土地上房屋征收主要是公共利益需要而征收;而集体土地上征地拆迁除公共利益需要外，还可能是集体利益需要，或经济发展重新规划布局而征地拆迁等。
2、适用的法律法规不同
国有土地上房屋征收所依据的法律法规为：《国有土地上房屋征收与补偿条例》、《城市房屋拆迁估价指导意见》和《城市房屋拆迁行政裁决工作规程》，各省级人民政府的《城市房屋拆迁补偿安置细则》、各市级人民政府的《城市房屋拆迁管理办法》。征收集体土地的房屋拆迁所依据的法律法规为：《中华人民共和国土地管理法》、《土地管理法实施条例》，各市级人民政府的《征地拆迁补偿安置办法》。
3、拆迁对象不同
国有土地上房屋征收，是针对城市规划区内国有土地上的房屋，被拆迁人是持有国有土地使用权证的单位或城市居民;而征收集体土地房屋，是针对农村被征收集体土地上的房屋，被拆迁人是持有集体土地使用权证书的乡、村、村民小组等集体经济或村民。
4、补偿内容不同
国有土地上房屋征收补偿主要包括：被征收房屋价值的补偿;因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。征收集体土地房屋补偿主要包括：土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿，实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。但根据《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第十二条：“征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。”的规定，集体土地征收程序在一定程度上可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定来执行。
5、权利人救济渠道不同
《土地管理法实施条例》第25条规定，集体土地征收时，对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施，采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时，按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议。
国有土地上的房屋与集体土地上房屋在征收时所遵循的法律是不同的，如果是与自己相关的房屋进行拆迁，那么被拆迁人要及时了解相关法律，以免自己因不懂法律而错过了最好的补偿。
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