(1)一种观点认为：以土地使用权作价入股，不同于转让，两者根本的区别是：国有土地使用权入股是将土地使用权作为新的公司的注册资本金，是提供土地使用权的一方履行出资义务，将土地使用权变更登记到公司名下的行为。公司法也规定了土地使用权可以作为出资。
持这种观点的理由是：
1、《房地产管理法》第28条规定：依法取得的土地使用权可以依照本法和有关法律、行政法规的规定作价入股、合资、合作开发经营房地产。这里的作价入股，是组建公司的出资方式，土地使用权是作为注册资本金的，不同于转让，虽然最高人民法院《关于审理房地产管理法施行前房地产开发经营案件若干问题的解答》第18条规定，享有土地使用权的一方以土地使用权作为投资人与他人合作建房，签订的合建合同，是土地使用权有偿转让的一种特殊形式，除办理合建审批手续外，还应依法办理土地使用权变更登记手续。该规定认为土地使用权的投资是土地使用权的转让。但该规定只是适用于《房地产管理法》颁布以前的合建合同。另外他们认为在合作建房中如果土地使用者将土地使用权作为项目设立时公司的出资，就不是一般意义上的转让而是作价入股。建设部《城市房地产转让管理规定》第三条第二款第一项将作价入股视为“其他合法转让形式”但该规定属于部颁规章，是下位法，而《房地产管理法》是上位法，下位法不能违背上位法。
2、从另一角度说，《房地产管理法》第28条规定，土地使用者是用土地与他人作价入股进行房地产开发经营，如果作价入股是转让而又必须达到投资25%以上才可以变更，那么土地使用者就不是用土地作价入股而是用自己的项目作价入股了。也就不是28条而是属于《房地产管理法》第39条的情形了。
3、土地使用权作价入股与土地使用权转让是两种不同性质的合同。“转让”从实质上讲，是一种土地使用权的买卖，是一方移转权利，另一方支付价金的法律行为，是一种交易行为;而“作价入股”则是一种为了组建公司的共同目的而投资的行为，是一种合作行为，作价入股的目的并不是以移转权利来获取价金，而是形成注册资本金分配收益的行为。或者说，“转让”的目的是完成各自的并互负对价的目的，“作价入股”的目的是为了完成共同的目标——组建公司。
4、《房地产管理法》第39条对投资25%的限制，从立法本意上讲，是为了防止土地的“空倒”和炒卖地皮，而《房地产管理法》第28条的本意是鼓励利用“作价入股”这种方式来完成一定的建设项目，是对土地利用政策的体现。
(2)二者的立法出发点不同。
1、将“作价入股”视为转让土地并受投资总额25%的限制，实际上不可行。一则以“作价入股”的方式拟组建的公司尚未成立，怎么能要求这时候就投资25%二则，以“作价入股”投资，是一种公司成立时的出资方式。按照公司法的规定，出资必须到位，而土地使用权的出资方式必须将土地使用权登记在公司名下。如果拘泥于《房地产管理法》39条25%的规定，就不具备转让过户的条件，不能过户，出资人将无法完成出资义务。
2、另一种观点认为：以土地使用权作价入股成立公司，是土地使用权转让的一种形式，具有土地使用权转让的性质，至于作价入股是否也受《中华人民共和国城市房地产管理法》第39条投资额的限制，应该分以下两种情况：一种是具备39条投资额限制条件，转让房地产的，受其限制;另一种是只缴纳了土地出让金，完全没有开发的，则不。
综上所述，土地入股只要投资比例超过25%，即算作转让。除此之外，要将土地作价入股与土地使用权转让进行区分，二者不能划等号。土地入股主要方式为股权收购和资产收购与土地使用权转让交易方式存在很大区别，当事人需要注意。
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