1、征地补偿标准偏低问题。在征地工作中，被征地农民往往以发达地区的征地补偿标准和政府招拍挂出让土地的价格来衡量当地征地补偿标准的高低，期望高，愿望强，普遍认为现行土地补偿费、安置补助费偏低，不认可，要求提高征地补偿费用。在青苗、地上附着物、建(构)筑物等补偿上，村民想方设法、瞒天要价，造成征地协议签订难。
2、被征地块抢种、抢栽、抢建等问题。部分被征地村民大局意识不强，法制观念淡薄，对政府已经公告告知需要征收的土地范围，采取各种不同的方式,抢种抢栽，或不同程度的增加地面上的附着物、附属物、建筑物、构筑物的数量(面积)，以套取国家补偿资金，人为制造征地补偿工作难题。
3、征地补偿款项分配问题。现在支付征地补偿款项一般是先从县市财政统一拨付到乡镇财政所，然后再由村、组进行统一收益、统一分配。在具体发放中，村或组集体在分配时不根据补偿款性质和法律规定加以区分，在分配过程中存在程序不合法、发放不规范、标准不统一，人为侵犯村民的权益。被征地农民往往把自己和村组集体经济组织在征地补偿费分配和使用上产生的矛盾以及与村组干部的矛盾转移到征地工作上来，借机阻拦，给征地工作设置重重障碍。
4、被征地块内有关租地企业的补偿问题。被征地区域一般距城市中心较近，交通便利，土地区位优势较好，经济较为活跃，因此，部分村民擅自改变土地用途，出租场地或闲杂房屋给个人兴办企业，有的企业还是招商引资的项目，其用地行为是“以租代征”，是一种国家明文禁止的行为。对该部分土地的附着物、附属物、建筑物、构筑物目前还没有明确的拆迁补偿政策，但企业主认为，我的项目是合法的，应该予以补偿;而且企业生产和经营的损失又没有标准补偿，故企业业主瞒天要价。
5、项目建设问题。一是项目建设带来的一些遗留问题。落户项目在施工过程中或多或少给农民和周边带来一些不便和影响，当地村民往往要求“遗留问题不解决就不征地”，成为新项目征地工作中的“拦路虎”。对此，往往是头痛医头，脚痛医脚，造成征地工作的被动。二是被征地村组承揽工程的问题。在项目建设中，当地村组对项目建设附属工程承揽要求强烈，把工程承揽当作征地的一个前置条件，而这些又不是具体操作征地拆迁工作的国土资源部门能够答复的问题。
6、失地农民的建房安置、后续发展、建房用地和生活出路问题。被征地区域农民大多身处市郊，谋生手段较多，但文化程度相对较低，务工技能较差。面对既得利益的丧失，很担心失地后的生活。每次开展征地工作，相当部分群众提出失地农民今后的生存、发展、建房问题，其妥善解决是征收土地的先决条件，这是我们征地工作中面对的首要问题，也是必须考虑的一大实际问题。
事实上，基层行政单位都该知道解决农村的这些民事纠纷，很多时候不能单纯的看国家法律制度的规定，有些村民的脑海当中始终都有一种按闹分配的观点。即便是当地政府所制定的征地补偿方案已经相对符合实际情况，村民也不见得就能配合的。
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