根据不同的经营承包经营方式(以家庭承包经营的承包方、其他方式承包经营的承包方)由县级以上地方政府依法登记、审核、核发。县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。
1.土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内，将土地承包方案、承包方及承包土地的详细情况、土地承包合同等材料一式两份报乡(镇)人民政府农村经营管理部门。
2.乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方报送的材料予以初审。材料符合规定的，及时登记造册，由乡(镇)人民政府向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请;材料不符合规定的，应在15个工作日内补正。
3.县级以上地方人民政府农业行政主管部门对乡(镇)人民政府报送的申请材料予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证;申请材料不符合规定的，书面通知乡(镇)人民政府补正。
(二)实行招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，按下列程序办理农村土地承包经营权证：
1.土地承包合同生效后，承包方填写农村土地承包经营权证登记申请书，报承包土地所在乡(镇)人民政府农村经营管理部门。
2.乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方和承包方的资格、发包程序、承包期限、承包地用途等予以初审，并在农村土地承包经营权证登记申请书上签署初审意见。
3.承包方持乡(镇)人民政府初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上地方人民政府申请农村土地承包经营权证登记。
4.县级以上地方人民政府农业行政主管部门对登记申请予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报请同级人民政府颁发农村土地承包经营权证;申请材料不符合规定的，书面通知申请人补正。
颁发农村土地承包经营权证，除工本费外，不得向承包方收取任何费用。农村土地承包经营权证工本费的支出要严格执行国家有关财务管理的规定。而要是农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡(镇)人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡(镇)人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。
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