土地使用权变更收取费用：
1、营业税=营业额×5%(若转让方能提供原购置土地的发票，按转让土地的全部收入减去土地受让原价后的余额为营业额计算征收营业税，否则按转让收入全额计征);根据财税[2003]16号文，单位和个人转让其受让的土地使用权，以全部收入减去土地使用权的受让原价后的余额为营业额。单位和个人销售或转让抵债所得的土地使用权的，以全部收入减去抵债时该项土地使用权作价后的余额为营业额。
2、城建税=营业税税额×5%;
3、教育费附加=营业税税额×3%;
4、土地增值税：土地增值税以纳税人转让房地产所取得的增值额为计税依据。土地增值额为纳税人转让房地产所取得收入减去税法规定扣除项目金额后的余额，以增值额适用四级超率累进税率。具体计算公式为：土地增值额=转让房地产的总收入-扣除项目金额。转让土地使用权的扣除项目有：取得土地使用权所支付的金额;与转让土地使用有关的税金等。
5、个人转让房屋计征个人所得税时，应按有关公式计算，按转让财产的收入额减去财产原值和合理费用后的应纳税所得额乘以20%的税率计征个人所得税。
6、印花税：根据财税[2006]162号规定，转让土地使用权应按“产权转移书据”计算缴纳印花税。税率为万分之五。另外，属于企业转让土地使用权的，转让土地使用权取得的收入计入企业当期应纳税所得额，按规定缴纳企业所得税
土地使用权变更程序有哪些？
依照《城市房地产管理法》第17条规定，改变土地用途应依循以下程序：
1. 取得出让方和城市规划行政主管部门的同意
土地用途改变，将直接引起土地出让最高年限的改变和土地使用权出让金的变化。同时，土地用途的改变，必然发生土地使用权出让合同中规定的权利义务关系的变化。因此，《城市房地产管理法》第17条和《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条，都规定了土地用途的改变必须取得出让人的同意或批准。
土地用途是城市规划的重要内容之一，改变后的土地用途必须符合城市规划的要求。因此，改变土地用途亦应取得城市规划行政主管部门的同意。
2.签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订土地使用权出让合同
土地用途的改变是土地使用权出让合同内容的重大变更，因此，土地用途的改变，在取得出让人和城市规划行政主管部门的同意之后，应由出让人和受让人签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让年限，并相应调整土地使用权出让金。
土地使用权的变更是必须要按照法律的规定来进行的，还要取得政府的同意才能进行变更，而且在变更的同时还要按照规定缴纳所有的税费，税费一般是按照当地的政策来进行计算，所以，土地使用权的变更是有很多的程序在里面的，但是只要所有程序合法、合理那就会很快办理下来。
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